傳說，在遙遠的古代，大地上有著名為【究極神】的邪神，企圖支配人類的【究極神】被光之決斗者神官與決斗巫女用【紅龍】的力量擊敗并封印。

但在【究極神】黑暗瘴氣的侵染下，【紅龍】的力量被分化成了擁有創造之力的【光之決斗龍】與代表著毀滅的【暗之決斗龍】。

時間流逝，來到了現代，時隔一萬年之久的決斗儀式再次開啟，決斗龍的持有者們相互爭斗，最終的勝者能夠向【紅龍】許下愿望，甚至能夠影響未來的發展。...