玩弄整個忍界的計劃很成功，暗子成功掌控曉組織，光子順利和五大國忍者接觸，初步取得了信任。

不過這份信任極為脆弱，是建立在眾人有著共同目標，圍剿清夜維護忍界和平。為了這個目的，五大忍村會在鐵之國商討聯合事宜，發兵攻打雨之國。

忍界的所有力量都被調動起來，世界大戰的趨勢越發明朗。而這一切都將在清夜眼中見證。

曉組織內，外出抓捕尾獸的成員大部分已經回來，其中阿飛消失，絕被殺，宇智波鼬被...