“為了自由。”那人伸出了手。
“來搞點大的吧。”依諾握住了他的手。
“算我一個。”護士轉過身將手放在兩人手上。
那精神病叫威廉·J·布萊茲科維奇，是【與德三對抗的同盟】的士兵，據護士安雅所了解，他被從戰場上找到的時候腦子都燒糊了，經過了14年才恢復成現在這樣。安雅詢問威廉要去哪兒，威廉回答：“哪都行。”也是，后備箱還有一個【德三】要處理呢。
安雅開到她爺爺奶奶家，她父母在精神病院就被【德三】殺了，威廉把后備箱的【德三】留著，首先是可以問到革命軍的位置，其次也可以讓她爺爺奶奶發發氣。發完氣后，威廉把【德三】鎖在地下室里。在和安雅一家了解完現在的局勢后，他去地下拷問【德三】，對方供出被抓的反抗軍被關在首都的艾森沃德監獄。
那里離這里很遠，安雅一家打算先開車將他們送往火車站，兩個年輕人和依諾坐火車過去。威廉和安雅被【德三】看到過，所以必須藏在后備箱里，依諾開著隱身站在后備箱上。路遇一個關卡，士兵要打開后備箱，依諾只能把他一刀殺了，然后溜進關卡里暗殺了所有士兵，并打開關卡，讓他們得以繼續前進。
上了火車，依諾隱身趴在火車頂上跟了一路，到站才下來。安雅幫威廉吸引注意力，讓威廉爬到囚車上混進監獄，依諾直接走過去，進囚車里和犯人待在一塊，對方沒有反隱設備，無法察覺。他們溜進了監獄，依諾打開了B囚室的門，并在里面的【德三】還在懵逼的時候刺殺了他，解放了所有囚犯。然后所有囚犯在懵逼中看著通風道打開了，依諾從通風道溜到主控室，殺掉主管后，她和同樣溜過來的威廉打開了所有囚室的大門，然后帶著囚犯開始突圍。
B囚室有一個威廉的熟人，是個老兵。依諾自己出去很簡單，但要帶這么多人出去不容易，于是她在陰死幾個士兵后將他們的武器交給那些囚犯和威廉，讓他們協助突圍。即便如此，成功出去的也只有十個人而已。
他們搶到載具離開，但一路上都是敵人的眼線，除了威廉和老兵乘坐的載具，其他的都被毀掉了，成功逃出來的也只有老兵一個人和威廉一行而已。他們來到抵抗軍藏身的地下基地，見到了另外幾個同伴，安雅和依諾幫他們破譯出一份敵人的文件，上面顯示了一種新型直升機所在的位置。這種直升機擁有可以不被雷達偵測到的裝置，這是機械教技術都做不到的，因為他們的敵人通常都沒有雷達，靈能偵測比這玩意兒好用多了。而沒有靈能的敵人大多數時候在莽，根本不會偵查，因此這東西有和沒有差別不大。
依諾潛入進去尋找直升機，途中還順便拿回了一些資料。那些資料顯示，【德三】的黑科技來自于一個名叫神禁學社的組織。她找到之后暗殺了一波敵人，打開機庫門，隊友用滑翔翼飛進來，開了直升機就跑。他們駕駛直升機返回基地，并確保沒有被敵人發現。
回到基地后，威廉去研究混凝土，依諾則和另一個反抗軍老兵聊起來。那個老兵雙腿殘疾，只能坐在輪椅上，這次去搶奪直升機都是依諾把她抱上去的。這種傷在他們那個時代是不治之癥，但在機械教，想治這種傷有很多辦法。依諾問：“你想不想站起來？我們的技術可以治好你的傷，你可以站起來的。”
“過段時間再說吧，我們的人手已經嚴重不足了。”她搖著輪椅離開，見她沒有興趣，依諾也只能作罷。
安雅通過分析混凝土發現一位神禁學社的成員被關在集中營里，名叫塞特·羅斯，但能混進去的依諾不認識也沒法認識塞特，其他人想混進集中營并順利救人幾乎不可能。依諾只能先溜進去尋找機會，但希望渺茫。
在找尋十天無果后，依諾叫來了9S和刃狼，9S駭入控制了集中營內火力最猛的自動機甲，和刃狼一起制造混亂。依諾趁機在人群里詢問誰是塞特，一個囚犯給她指了一位老人，老人說：“如果你能把他們也救出去，我就跟你走。”于是依諾也加入了屠殺守衛的行列。
殺得差不多之后，依諾讓田恩雅開啟傳送門，將那些囚犯引導進異世界暫時安置。而塞特·羅斯則被帶回了基地，他和抵抗軍說了神禁學社的事。據他所說，他們的科技超乎這個時代的人的想象，直到幾十年前，他們還是個隱秘的團體，而現在，那些渣滓們發現了他們的一個保管庫，不大，但里面的技術夠他們用的。他們還有幾百個這樣的保管庫，但考慮到抵抗軍的能力，他只說了一個，其他的都單獨告訴了依諾。
依諾將位置上傳到了網絡，機械教協助星際戰士到達了那些寶庫并取出了里面的知識，由于那些寶庫都在各個犄角旮旯，他們的行動沒有引起敵軍注意。取回的技術大多給了抵抗軍，但現在抵抗軍沒人沒地，有科技也沒法用。
他們去搶了一艘攜帶核子加農炮的潛艇，9S破譯出了核子加農炮的密鑰，正當他們準備進攻一位對敵人有巨大影響的將軍的城堡時，基地被發現了。9S加載了山姆的數據，雖然機體差了點，但和刃狼配合解決掉第一波敵人綽綽有余。敵人的武器甚至無法擊破他們的裝甲。更好玩的是敵軍帶了一種有高智能AI的機械獵犬，而他們又沒有強行控制這些獵犬的開關。于是刃狼一聲嚎叫，所有的獵犬都造反了，開始掉頭攻擊他們之前的隊友。
因為基地已經被發現，抵抗軍不能坐以待斃，他們將基地轉移到搶來的潛艇上。但獵犬太大登不上直升機，于是刃狼帶領獵犬突破了當地軍火庫，救出一群獵犬從陸路轉移。
在敵人專心追捕逃跑的獵犬時，潛艇開到了城堡，他們沒有立刻使用核武器，因為里面還有囚犯，雖然少，但也必須要救出來。他們炸開了外墻，威廉和依諾殺進去救人，人救出來了，但威廉和依諾被電梯送到了那個將軍面前。
那個將軍用很類似無畏機甲的自動機甲迎擊，不過那里面裝的不是他自己人，而是威廉以前的戰友，在戰斗的時候還給予對方心靈上的重擊。在讓那個機甲失去動力后，那個將軍駕駛著一架帶護盾的機甲出現，但他的護盾擋不住相位刀，在護盾破掉后，他被從機甲里拽出來。他最后的反抗是拿出手雷試圖讓自己和對方同歸于盡，但站在他面前的是依諾，他確實碎了，依諾身上連個劃痕都沒有。
兩人離開城堡，潛艇發射核彈，然后潛入水下逃遁，敵軍追都追不上他們。接下來的十幾天，刃狼帶著一群狗打游擊，時不時再收編幾個新成員。殘疾的那位接受了治療，回來之后不僅能站起來了，整個人都精神了不少，老兵為了戰斗喝了延壽藥物，威廉做了一點生化改造，還拿到了神禁學社提供的一套不算太高級但夠用的動力甲。這種動力甲很適合沒有任何改造的普通人，而且造價相對低廉，于是機械教將其改進了一下，配發給了騎士家族的下級士兵。敵人的武器和星界軍手里的那些手電筒不相上下，沒有必要更換。