在各國新登記病例中，病原學陰性肺結核病例占肺結核總病例的比例為20%～80%，發達國家多低于50%，部分發展中國家其比例高達80%。2011—2018年我國登記病原學陰性肺結核病例占肺結核總病例的比例為50%～70%（圖1-1）。

病原學陰性肺結核比例高的原因是：①痰液收集和檢查程序不規范；②患者痰標本含菌量少，痰液內含菌5 000條/ml時，涂片陽性率（涂陽）約50%，<1 000條/ml時則下降至4%，未經治療的2cm直徑大小的肺部結節病變，其結核菌含量約100～1 000條，而同樣大小的結核性空洞，菌數要高出約1萬～10萬倍；③肺部病灶局限，未與引流支氣管相通；④臨床診斷的部分病原學陰性肺結核為非活動性肺結核。