1.2.2　二級結構

蛋白質或肽的線性延伸鏈段具有不同的、特征性的局部結構構象，稱為二級結構，其形成主要依賴于氫鍵。二級結構的兩種主要類型是α-螺旋和β-折疊。

α-螺旋是右旋螺旋。α-螺旋中氨基酸的側鏈取代基向外延伸，氫鍵形成于鏈中每個CO的氧和螺旋線中其后第四個N—H的氫之間。氫鍵使這種結構變得特別穩定。氨基酸的側鏈取代基位于N—H基團之外。

β-折疊中的氫鍵是在肽鏈之間(股間)而不是肽鏈之內(股內)。折疊構象是由成對并排排列的股線組成的。單鏈上的羰基氧與相鄰鏈上的氨基氫鍵合。兩股線可以是平行的，也可以是反平行的，這取決于股線方向(N端到C端)是相同還是相反。反平行的β-折疊由于氫鍵排列較為整齊而更加穩定。