在《寶可夢：幻影的霸者索羅亞克》中，克林克斯·寇泰得到時拉比儲備能量而造出的“時間波紋”，波紋具有讓人看到未來的能力。他準備捕獲再次拜訪王冠市的它。

這是最值得期待的賽事，數以百計的人群涌入王冠市觀看令人激動的比賽。小智、皮卡丘和他的朋友們遇到了一個從未見過的神秘寶可夢。

但是三個傳說的寶可夢雷公、炎帝及水君突然出現并開始在街上暴走。小智和他的朋友們以及新寶可夢索羅亞將揭開隱藏在強大勢...