太平洋海底，突然隆起了一個神秘的超古代遺跡，從那里出來的邪惡魔鳥怪獸佐加，支配了整個天空。雖然迪迦奧特曼和哥斯拉一起把他消滅了，但是……

馬上回基地，佐加侵襲日本了，怎么可能啊！它不是剛死了嗎？快如迅雷的閃電在海面上瘋狂的輸出，一團迷霧就這樣出現在海面上，同時還夾雜著閃電雷鳴均速前進，大古和麗娜開著TPC遠東總部勝利隊戰斗機在霧中穿梭。你覺的我們能贏嗎？如果，我們的命運，注定最終要滅亡的話，這是什么命運，我們一定要改變，大古和麗娜交談著，黑暗的海面上海水沸騰，波濤洶涌，一座巨大的遺跡浮出水面，此時，在水中職行任務的崛井和新城駕駛著海豚202號與總部失去了聯系，崛井、新城，海底，到底發生了什么。佐加朝首都中心攻來了，佐加從城市中飛過，只見佐加飛過的市區瞬間就變成了廢墟，也就在災難發生之時，TPC遠東總部就以迅雷不及掩耳之勢組織著群眾的避難行動，所有運輸系統已經停止了，迅速到地下避難，擁擠的避難所內，大家對著這突如其來的災難，人心惶惶。

不僅僅是日本，世界的其他地方也同樣的出現了佐加，漫無目的的四處破壞。隨后TPC遠東總部傳來了消息：TPC美國支部的布魯特隊全軍覆沒了。緊接著，大名鼎鼎的TPC遠東總部竟然被神秘的東西入侵了，好巧不巧，這時大古、麗娜回到了基地，真相大白竟然是一團神秘的黑霧闖了進來，加坦杰厄登場，不久，基地就被攻陷了，大古也以人類的身份再一次的變成了迪迦奧特曼迎戰那他贏不了的敵人。激烈的戰斗過后，迪迦奧特曼被打成了石頭，迪迦奧特曼，卒。片刻的沉寂之后，將世界各地的佐加處理掉的哥斯拉如救世主般的出現了，水戰可是哥斯拉的強項啊！戰斗開始，漸漸的哥斯拉完全占據了主動權，人類的信念覺醒了，信念轉化成了光，迪迦奧特曼復活了，變成了閃耀形態，說時遲那時快，哥斯拉直接一發原子吐息射向加坦杰厄，迪迦奧特曼也是使出了必殺技哉佩利敖光線射向加坦杰厄，最終兩大光線合為一體，就這樣哥斯拉與迪迦奧特曼便用了融合技原子哉佩利敖光線秒殺了加坦杰厄。世界恢復了和平，大古失去了變身迪迦奧特曼的能力，幸福的與麗娜和伙伴生活在一起。迪迦奧特曼不知所蹤，哥斯拉也又去了另一個時空，重新開始著自己的生活……