自從初代奧特曼與早田進的相遇開始，怪獸也不斷出現，而奧特曼保護地球也已經過了很久了，每次和怪獸戰斗，可以說都能化險為夷，因為有著和人類羈絆。但是，這一次，奧特曼遇到了史無前例的對手，宇宙恐龍杰頓。而哥斯拉因為幫助初代奧特曼打敗了四十只怪獸光榮的身受重傷，也由于這一段時間的超負荷戰斗，導致哥斯拉現在只能養傷，不能在繼續幫助初代奧特曼。這就是初代奧特曼與宇宙恐龍杰頓之間的較量。地球上正在面臨著前所未有的危機，

在地球外部，發現了一大群宇宙飛碟，前往地球。科特隊村松隊長立即下令，馬上出擊。而富士隊員留守本部，但是危險其實已經開始了。杰頓星人變成了巖本博士的樣子，跑進控制室，將富士隊員掐暈之后，破壞總部通訊設備就逃走了。當科特隊隊員消滅飛船，聯系總部的時候，無論怎么叫喚，富士隊員都沒有回復。這下，他們才知道總部可能出事了。當所有人趕回總部的時候，看到倒地的富士隊員，幸好并沒有什么大礙。早田進、嵐隊員以及村松隊長追著巖本博士就出去了。當嵐隊員撲倒博士的時候，博士變成了一個宇宙人早田進當即進行攻擊，杰頓星人在消失之前，一直喊著“杰頓”兩個字。起初，科特隊并不知道這是什么意思，后來才知道，原來是杰頓星人在喚醒宇宙恐龍杰頓。

杰頓出現之后，就徑直往科特隊總部大樓而去，但是里面還有博士和其他隊員。早田進跑到樓底下，拿出貝塔魔棒，變身了。初代奧特曼一出現，就來了一招捕捉光換，嘗試用光線限制杰頓的活動。但是杰頓雙手一張，光線就破壞了。正當奧特曼站起來，面對杰頓的時候。突然，杰頓嗖的一聲，不見了，奧特曼都懵了一下。杰頓突然出現在奧特曼的身后，朝著奧特曼發射光線，雖然奧特曼躲過了，但光線卻打在了科特隊大樓上，打出了好幾個窟窿。奧特曼也不是吃素的，直接朝著杰頓發射了八分光輪，但是使用了屏障，將光輪擋掉了。此時被困在科特隊大樓的人員，也已經撤離完畢。富士隊員看到這樣子，還未奧特曼加油打氣。奧特曼見光線沒有用，直接朝著杰頓使出了拳腳。但是，當奧特曼靠近杰頓的時候，直接被杰頓反手推倒，在地上滾了好幾個圈。杰頓乘勝追擊，直接用身體壓住奧特曼，奧特曼一時間難以掙脫。胸前的彩色計時器，也開始閃爍了。但是奧特曼并沒有放棄，而是使出全身力氣，將杰頓推開。奧特曼站起來之后，便朝著杰頓發射了斯派修姆光線，但是被杰頓吸收且反彈了回來，打在了奧特曼的彩色計時器上。只見奧特曼動作緩慢，彩色計時器越來越快，直到完全沒有了光芒，奧特曼倒下了。此時，伊初隊員拿著新武器，朝著杰頓一打，杰頓爆炸了。然后，我們就看到了經典的一幕，光之國佐菲奧特曼來了。他用從光之國帶來的兩個生命能量，復活了早田進和初代奧特曼，并且將初代奧特曼一同帶回了光之國。隨后，早田回到了隊友身邊，而這時的伊藤真司已經完成了怪獸面板的任務。