元太宗窩闊臺系成吉思汗正妻孛兒臺所生第三子。青年時代輔佐其父南征北戰，功勞卓著，表現出優秀的軍事指揮才能和掌管政事才能，堪稱汗位的繼承人。成吉思汗也確實在1219年就做出了這樣的安排。然而，成吉思汗1227年死后，窩闊臺沒能立即繼位，而是由其幼弟拖雷監國達二年之久，直至1229年窩闊臺才得以正式即位。何以出現既被指定為繼承人卻又不能立即繼位的結果呢？這必須從蒙古選汗制度說起。

按蒙古人的傳統，幼子有優先繼承父業的習慣。一戶蒙古家庭，長妻所生幼子，蒙語叫斡惕赤斤，意即“守爐灶之主”，是留守家業之人，而他的兄長成年則要另自成家。若循此習慣，成吉思汗的幼子拖雷在繼任汗位上擁有極大優勢。然而成吉思汗憑著他的成就和威望，打破了這一傳統，沒有以拖雷為繼承人，而是選定了窩闊臺。

成吉思汗為何要如此做呢？據波斯史家志費尼《世界征服者史》記載，成吉思汗從窩闊臺的言談舉止中，時時看出他是皇位的適當人選，日益發現他治理朝政和衛國御敵的英豪氣魄。于是，通過提示和諷喻，成吉思汗經常把這個印象銘刻在他諸子的心里。而他的其他三個嫡出兒子卻不具有如此的才能和特長。由此可以看出，成吉思汗之所以視傳統習慣而不顧而選窩闊臺為繼承人，實出于才能與特長的考慮，換言之，成吉思汗在擇立儲君的標準上做了大膽變革。而對于其他三子，他經過慎重考慮也做了適當安排：長子術赤管狩獵，次子察合臺掌法令，幼子拖雷統軍隊。

在四子中，汗位究竟誰屬？成吉思汗心中亦曾經猶豫過。事實上，成吉思汗最寵愛的是幼子拖雷，每有戰爭必攜其俱往，且稱其為那可兒（即伴侶）。就軍事才能而論，窩闊臺亦自認不如拖雷，因此成吉思汗也曾想因循傳統傳位于拖雷。但最終他還是否定了這一選擇，為了彌補拖雷失去汗位的損失，成吉思汗采取了一種折衷做法，即一方面將治理國家的重任交給了窩闊臺，另一方面，則將他的大斡兒朵的管理權和絕大部分軍隊的統轄權交給了拖雷。如此做的結果雖然在二子之間做了一定的平衡，緩和了其間的矛盾，但從長遠看，又給后來窩闊臺系和拖雷系之間的汗位之爭事先做了傾斜性的實力分割。后來拖雷系之所以能從窩闊臺系手中奪去汗位實有賴于其所握有的軍隊與財富。

對于汗位這一敏感性問題，四子間形成兩大營壘，矛盾深伏其間。察合臺和窩闊臺為一黨，術赤與拖雷為一黨。當成吉思汗向諸子透露他的選定時，術赤與拖雷黨雖沒公開表示異議，但內心是不服的，其不滿情緒首先由術赤表現出來。

當成吉思汗命令除拖雷以外的三個兒子西征花剌子模的都城兀籠格赤時，術赤與察合臺發生沖突，致使攻城不下。術赤遣使向成吉思汗請示：“如今俺三人內聽誰調遣？”繼位人選既已明確，為何還要請示以誰為首呢？這只能說明術赤根本反對窩闊臺為繼承人。除此之外，不可能有其他根本原因。后來在窩闊臺的調解下，二人委曲求全，三子暫時團結起來，終于攻克其城。之后，察合臺和窩闊臺往塔里寒與成吉思汗會師，而術赤則違反父命徑赴他在也兒的石河的營地，對此成吉思汗非常生氣，認為他反跡已明，準備派兵親征，后因術赤死訊傳來，方才罷兵。由此可見，那種認為諸子對成吉思汗的決定皆心悅誠服的說法是不符合事實的。

成吉思汗也察覺到諸子間為此事而耿耿于懷，惟恐諸子因此而彼此結怨從而影響到帝國的統一大業，所以在臨終前特召諸子于帳前，諄諄教誨，要他們團結一致，服從窩闊臺領導。他一再給他們講一支箭易折，多支箭合在一起難折以及一頭蛇和多頭蛇的故事。后者是說在一個嚴寒的夜晚，多頭蛇想進洞御寒，但諸頭互相反對，互相牽扯，結果誰都沒進去，皆凍死洞外；另一條一頭蛇卻順利進洞。其用意再明白不過。

造成汗位空虛達二年之久的另一個根本原因是汗國時期仍殘存的原始民主制。即使是成吉思汗也不能完全擺脫傳統的束縛和影響。按汗國傳統，帝國之大事，包括征伐、創制、選汗及宗親的懲罰等必須要通過由諸王、權貴參加的忽里臺大會的共同議決。而且有法令規定：如果任何人由于驕傲，自行其是，想要當大汗，而不經過諸王的推選，那么他就要被處死，決不寬容。所以窩闊臺要正式即位，必須要例行忽里臺大會的推選。

1229年7月，各地的宗王、皇子以及皇帝駙馬、公子和萬戶、千戶諸官陸續來到怯祿連河的闊額阿剌勒的地方，準備參加忽里臺大會。會議預定開40天，前三天照慣例，大擺筵席，狂歡濫飲。此后便開始討論汗位問題，經過35天的爭議，至8月24日仍“議猶未決”。時任監國的拖雷本就不愿窩闊臺即位，而他作為忽里臺大會的主要召集人和主持者，內心對忽里臺大會就懷有異意，所以他計謀在拖，不愿交出大權。耶律楚材深明其中奧妙，知道曠日持久的爭議可能會造成內訌從而影響統一大業，故而挺身而出，稟奏拖雷“宜早定宗社大計”，拖雷對曰：“事猶未集，別擇日可乎？”楚材以二十四日正是吉日，請求立斷，錯過“無吉日矣”。眾人一向敬服耶律楚材，聞此言紛紛附和，拖雷見人心所趨，知拗不過眾人，只好退讓，表示支持其兄繼位。窩闊臺循舊俗再三推讓，最后才表示同意。窩闊臺就此正式登上汗位。

窩闊臺即位后，重用耶律楚材，采取多方面措施，以加強大汗的權力，從而大大推進了蒙古國家政權的發展。在繼續推行軍事擴張政策的同時，對內實行朝臣跪拜之禮，制定賦役制度，保證賦稅征收，分封民戶，建立驛站，營造宮城，強化政權組織建設，改行文治路線，為元帝國的統一大業做出了貢獻。