伏羲幫助軒轅戰勝蚩尤后，上古神器落入人間，其中伏羲琴被敦煌千佛所保管。盡管伏羲琴不是神器之首，但其能夠操控心靈的力量使許多人前往尋找，但大多數人無功而返。敦煌千佛為了不讓伏羲琴落入企圖奪取伏羲琴以成就野心的人手中，依靠它能夠支配萬物心靈的力量，令任何前來尋找伏羲琴人都會因精神崩潰，大腦劇痛而死，春秋時期，七曜使者為復活慕容詩找來伏羲琴，放入天女白玉輪中。事后沒有交代石與琴的去向，另有來自另外的歷史（七曜使者的不存在的歷史）中代替伏羲琴的伏琴心法，只用于控制他人，不敵神器。
三國時期，橫艾（笙仙子）找來伏羲琴抹去了世人心中關于飛羽部隊的記憶，隨后推測還返回敦煌。
天之痕中，獨孤寧珂曾派大軍前往奪取伏羲琴，結果因精神崩潰，大腦劇痛而全軍覆沒，可以見得這是伏羲琴力量的強大。對于伏羲琴來說，它能不像軒轅劍那樣斬妖除魔、東皇鐘那樣震撼天地、煉妖壺那樣煉化萬物，但人心同樣重要。若得心，何談無力？這也是為什么許多人渴望得到它的原因了。
后來獨孤寧珂的靈魂因為魔性太重不能完成她來世做一個普通人的愿望，被古月圣將靈魂收入伏羲琴中，利用伏羲琴的凈化之力，100年后便可以完全洗去她的魔界沾染（即后來軒三中的女主角妮可）。伏羲琴除了能使人心感到寧靜、能支配萬物心靈外，還具有凈化的力量，這使得伏羲琴在人心目中更加強大。
蒼之濤中，車蕓一行人也在昊天界1、2層遇到過被月耀使者用伏琴心法控制心神的苻殷等人。從當時被控制的人的狀態來看，被這種力量控制的人根本無法解脫（關于伏羲琴和伏琴心法的關系見下個詞條）。
伏羲琴和伏琴心法
首先從功能上來看，二者都是能夠操控心靈的，但不同的是，伏羲琴可以凈化人心，這點伏琴心法是無法做到的；其次，伏羲琴的琴音可以直接作為武器進行攻擊，但伏琴心法對于被操控的人來說是沒有直接傷害的，由此來看，伏琴心法和伏羲琴并不是同一個概念。
距離戰勝蚩尤將近千年的時間里，難保會有高人得到伏羲琴后以琴音為媒介悟出這樣一種“伏琴心法”，但是真的對于上古神器之一來說，自己本身的技能是不會那么容易就可以被別人領悟出來的。另一種猜想是：之前已經有一種類似軒三中的“反曼陀羅陣”的陣法篡改了因果，從而使得某個人得到了伏羲琴的力量——即伏琴心法，再一代代的傳承……
當然，這些都只是猜想，真正的原因我們還無從得知，可以知道的是：伏羲琴和伏琴心法并不是沒有關系，只是對于這種不明確的關系，大多數玩家不至于把伏琴心法和伏羲琴混淆。
另外，在《蒼之濤》中已經提及，源于伏羲琴的伏琴心法在上古神器的力量面前會失去作用（軒轅劍解封后，伏琴心法無法控制由軒轅劍保護的主角一行人；土曜使者為了抵抗伏琴心法，將金曜使者的軒轅劍帶在身邊）。由此可見，伏琴心法僅是得了伏羲琴操控人心的功能，其力量遠不及上古神器伏羲琴的來歷
伏羲制琴的時候，叫人把梧桐砍來，要選擇三丈三尺高的，然后截成三段。這三段的意思表示天、地人三才。選木料時，他先取來一段，敲一敲，如果聲音太清，認為木質過輕了，不要;再取另一段，敲一敲，聲音要是太濁了，認為木質過重了，又不要;最后，再取來不輕不重的一段，用手指彈一彈，聲音清濁相當，輕重也適宜，便把這木材送進流水中，泡浸七十二天，然后，取出來陰干，再請高級的匠人制成古琴。
伏羲制琴的傳說說明后來人對作琴的材料已十分講究了。要求材料具備輕、松、脆、滑等特點。古琴的琴面一般是用桐木做的，梓木為底。用木頭做琴軫，涂上漆，用金屬做琴微。據說最好的琴弦是用冰蠶的絲做的，叫做冰弦。琴身用梧桐木制成后，涂上了漆，時間久了，漆面發生斷裂，這叫斷紋。斷紋的形狀有多種多樣的。有的象蛇腹上的花紋，叫做蛇腹紋;有的象流水一般，還有的象牛毛、梅花、冰紋，等等。斷紋產生的原因是由于漆木、灰、胎的制作而引起的。有人認為古琴越是古舊就越好，越珍貴。所以有的人故意將新琴的表面搞成舊樣，以便出售。古舊的年代多少，有經驗的人可以從漆紋斷裂的情況來斷定。古琴的材料要講究。制成后的古琴則更要講究愛護。古琴不能受潮，也不能曝曬，受潮和曝曬都會使琴身變形，琴的聲音也變壞。古人說琴有六忌：忌大寒，忌大暑，忌大風，忌大雨，忌迅雷，忌大雪。
伏羲琴最先是有上古大神伏羲創造而來，那關于伏羲琴有什么傳說呢?
伏羲琴是什么樣的
伏羲琴顧名思義就是當時伏羲所創造的樂器演變而來。是神話傳說中的十大神器之一，據傳說中講到，伏羲琴能控制世界萬物的靈魂和思想。
而關于琴的起始和發源時間可以追尋到幾千年之前，傳說是當年伏羲看見有鳳凰寄居在梧桐樹上，便根據鳳凰的形象做出了樂器，后來被命名為琴。后來有學者認為伏羲之所以創造出琴來，主要的原因是想要“反其天真”。
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琴聲可以陶冶情操，許多人喜歡用美妙的琴音來凈化人的心靈，并且讓人們更好地回歸于大自然，讓人們心中的感情自然而然的就可以抒發出來，而伏羲琴還有一個特殊的功能，那就是控制任何物體和生物的靈魂和思想，這種神奇的力量讓許多人對于伏羲琴趨之若鶩，據說當時伏羲戰勝了蚩尤之后，伏羲琴卻不小心落入了凡間，為了使人們不被琴音所迷惑，伏羲琴一直交給敦煌千佛所收藏，敦煌千佛見時間的人們紛紛動了不該有的邪念，就設置了一種特殊的限制，任何人若是為了尋找伏羲琴，最后都會變得崩潰，大腦也會受到強烈的刺激，因為忍受不了劇痛而死亡。
盡管為了伏羲琴敦煌千佛費盡心思，但是后來還是有多位神明為了各種的緣由而找到伏羲琴，但是相傳在最后西方的一位著名的女魔頭的靈魂被注入了伏羲琴之中，宇文拓為了凈化她的心靈和完成她最后的心愿，將伏羲琴帶到了西方，最后伏羲琴的下落便無人能知了。
伏羲是洪荒時代的智者，也是一個創造者，發明家和傳播者。他生活的遠古年代，是一個沒有語言數字甚至沒有思想，對空間時間上沒有認識的蠻荒年代，一切都處于混沌時期。伏羲是最早的人類始祖，由他而創造的八卦圖囊括了最原始古老的世界萬物信息，為后代形成文化律法各種思想奠定了基礎，八卦是一種具有象征意義的圖文字符。它是以天地雷電風等自然之物為構架，同時又包括空間時間上的推演。最早的時候伏羲用它來記錄天文地理年歷。卦是占卜測算的意思。祭祀出行都可以用八卦來卜問。
伏羲八卦的產生和運用對人類發展有著不可逆轉的促進作用。它所蘊含的邏輯和原理是中國文化的基石。八卦最早繪出用來代表事物的圖形演變出了后來龐大的文字系統。它里面占卜所引用的規律是后來人們思考的邏輯根基。八卦里以天地為軸引導了人們按自然發展去思考，這一套八卦里的基礎單位是卜算，這一套認識和推演符合人類對萬事萬物的逐步認識，并且影響了人類思考的方向。
比如律法的審判，醫學的診治，這其中的規律都可以體現出是八卦奧義的延伸。就像有人提出日心說而非地心說一樣重用，后代的研究都是基于這一理論。而小小的八卦圖作用也是如此，何況它產生于最早的人類起源，作用是無法估量的