倉耀祖認為金陵作為都城有些陰柔，不夠陽剛，所以他要求城門及主要建筑的格局一定要大，用料以大型石塊為主，他想把江南的那種柔弱氣質對沖一下。倉耀祖還在金陵城城外四方建有軍營，日后金陵最少也要駐扎十萬左右的兵士，必須要重視起來。

倉耀祖看重的還有城里面的各個功能區，宮城往南有以夫子廟和江南貢院為核心的文化區，以十里秦淮為核心的休閑娛樂逛吃區。宮城往東有各司衙門和官員住宅。宮城往西往北則是軍營和碼頭...