蛋白質序列分析基本原理為Edman化學降解法，即N末端氨基酸殘基依次與衍生化試劑（異硫氰酸苯酯）作用，從蛋白質/多肽N末端按順序切割下來，形成穩定的氨基酸后進行分析鑒定。適于各種方法制備蛋白樣品的N端測序，包括電轉移印跡法、PVDF膜上樣品或HPLC等溶液樣品。靈敏度可達fmol級樣品，在確證新的蛋白、鑒定重組蛋白一級結構的正確性、確定多肽合成產物的結構等方面都具有重要的作用。所有用于序列分析的多肽/蛋白必須是高純度的，去鹽和去除其他干擾測序的成分，不含有與Edman降解相作用的物質如三羥甲基氨基甲烷、甘氨酸、胍、甘油、蔗糖、乙醇氨、十二烷基磺酸鈉、曲通、吐溫（Tween）、硫酸銨以及各種游離氨基酸等。作為重組蛋白和多肽的重要鑒定指標，要求至少每年測定一次。