第三節(jié)　居民企業(yè)所得稅匯算清繳流程和方法

一、企業(yè)所得稅匯算清繳的一般流程

企業(yè)所得稅匯算清繳的一般流程可概括為：計算——填表——報送——初審——補退。

（一）計算——填表——報送

國稅發(fā)〔2009〕79號文件第七條要求，納稅人應(yīng)當按照《企業(yè)所得稅法》及其實施條例和企業(yè)所得稅的有關(guān)規(guī)定，正確計算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，如實、正確填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表，完整、及時報送相關(guān)資料，并對納稅申報的真實性、準確性和完整性負法律責(zé)任。

關(guān)于應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額的計算，企業(yè)所得稅年度納稅申報表要求分三步計算，先計算利潤總額，后計算應(yīng)納稅所得額，再計算應(yīng)納稅額。其中，對應(yīng)納稅所得額的計算，企業(yè)所得稅年度納稅申報表采用間接法。有關(guān)計算公式如下：

納稅調(diào)整后所得=利潤總額-境外所得+納稅調(diào)整增加額-納稅調(diào)整減少額-免稅、減計收入及加計扣除+境外應(yīng)稅所得抵減境內(nèi)虧損

應(yīng)納稅所得額=納稅調(diào)整后所得-所得減免-彌補以前年度虧損-抵扣應(yīng)納稅所得額

應(yīng)納所得稅額=應(yīng)納稅所得額×25%

應(yīng)納稅額=應(yīng)納所得稅額-減免所得稅額-抵免所得稅額

實際應(yīng)納所得稅額=應(yīng)納稅額+境外所得應(yīng)納所得稅額-境外所得抵免所得稅額

本年應(yīng)補（退）所得稅額=實際應(yīng)納所得稅額-本年累計實際已繳納的所得稅額

（二）初審

國稅發(fā)〔2009〕79號文件第二十條要求，主管稅務(wù)機關(guān)受理納稅人年度納稅申報后，應(yīng)對納稅人年度納稅申報表的邏輯性和有關(guān)資料的完整性、準確性進行審核。結(jié)合有關(guān)規(guī)定，審核重點主要包括：

（1）納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表與企業(yè)財務(wù)報表有關(guān)項目的數(shù)字是否相符，各項目之間的邏輯關(guān)系是否對應(yīng)，計算是否正確。

（2）納稅人是否按規(guī)定彌補以前年度虧損額和結(jié)轉(zhuǎn)以后年度待彌補的虧損額。

（3）納稅人是否符合稅收優(yōu)惠條件、稅收優(yōu)惠的確認和申報是否符合規(guī)定程序。

（4）納稅人稅前扣除的資產(chǎn)損失是否真實、是否符合有關(guān)規(guī)定程序。跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人的二級分支機構(gòu)稅前扣除的資產(chǎn)損失是否在向分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報的同時上報總機構(gòu)。

（5）納稅人有無預(yù)繳企業(yè)所得稅的完稅憑證，完稅憑證上填列的預(yù)繳數(shù)額是否真實。跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人及其所屬分支機構(gòu)預(yù)繳的稅款是否與《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)所得稅分配表》中分配的數(shù)額一致。

（6）納稅人企業(yè)所得稅和其他各稅種之間的數(shù)據(jù)是否相符、邏輯關(guān)系是否吻合。

（三）補退

國稅發(fā)〔2009〕79號文件第十一條規(guī)定，納稅人在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)結(jié)清應(yīng)補繳的企業(yè)所得稅稅款；預(yù)繳稅款超過應(yīng)納稅款的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)及時按有關(guān)規(guī)定辦理退稅，或者經(jīng)納稅人同意后抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。第二十一條進一步明確，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)結(jié)合納稅人企業(yè)所得稅預(yù)繳情況及日常征管情況，對納稅人報送的企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表和其他有關(guān)資料進行初步審核后，按規(guī)定程序及時辦理企業(yè)所得稅補、退稅或抵繳其下一年度應(yīng)納所得稅款等事項。

二、外幣折算人民幣的方法

《企業(yè)所得稅法》第五十六條規(guī)定，依照本法繳納的企業(yè)所得稅，以人民幣計算。所得以人民幣以外的貨幣計算的，應(yīng)當折合成人民幣計算并繳納稅款。《企業(yè)所得稅法實施條例》第一百二十九條明確，企業(yè)所得以人民幣以外的貨幣計算的，預(yù)繳企業(yè)所得稅時，應(yīng)當按照月度或者季度最后一日的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應(yīng)納稅所得額。年度終了匯算清繳時，對已經(jīng)按照月度或者季度預(yù)繳稅款的，不再重新折合計算，只就該納稅年度內(nèi)未繳納企業(yè)所得稅的部分，按照納稅年度最后一日的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應(yīng)納稅所得額。經(jīng)稅務(wù)機關(guān)檢查確認，企業(yè)少計或者多計前款規(guī)定的所得的，應(yīng)當按照檢查確認補稅或者退稅時的上一個月最后一日的人民幣匯率中間價，將少計或者多計的所得折合成人民幣計算應(yīng)納稅所得額，再計算應(yīng)補繳或者應(yīng)退的稅款。

【例2-1】某非境內(nèi)注冊居民企業(yè)注冊登記地在香港，2019年4個季度以港元計算的實際利潤額如表2-1所示：

中國人民銀行授權(quán)中國外匯交易中心公布的2019年4個季度最后一日港元對人民幣匯率中間價如表2-2所示：

假設(shè)兩種情形：

第一種情形，該企業(yè)2019年匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額為34 000萬港元。

第二種情形，該企業(yè)2019年匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額為30 000萬港元。

在第一種情形下，該企業(yè)2019年已經(jīng)按照季度預(yù)繳稅款的應(yīng)納稅所得額合計為32 500萬港元，匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額為34 000萬港元，可見，企業(yè)4個季度預(yù)繳稅款時計算的應(yīng)納稅所得額合計比匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額少1 500萬港元。則：

該企業(yè)應(yīng)補稅的應(yīng)納稅所得額=1 500×89.578/100=1 343.67（萬元）

該企業(yè)匯算清繳應(yīng)補繳企業(yè)所得稅額=1 343.67×25%=335.917 5（萬元）

在第二種情形下，該企業(yè)2019年已經(jīng)按照季度預(yù)繳稅款的應(yīng)納稅所得額合計為32 500萬港元，匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額為30 000萬港元，可見，企業(yè)4個季度預(yù)繳稅款時計算的應(yīng)納稅所得額合計比匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額多2 500萬港元。但按什么時間的匯率計算應(yīng)退稅款，《企業(yè)所得稅法》及其實施條例和匯算清繳相關(guān)文件均未作出明確規(guī)定。我們的建議是，按照對等原則，對匯算清繳確認退稅的應(yīng)納稅所得額應(yīng)按納稅年度最后一日的人民幣匯率中間價，將多計的所得折合成人民幣計算應(yīng)納稅所得額，再計算應(yīng)退的稅款。

該企業(yè)應(yīng)退稅的應(yīng)納稅所得額=2 500×89.578/100=2 239.45（萬元）

該企業(yè)匯算清繳應(yīng)退企業(yè)所得稅額=2 239.45×25%=559.862 5（萬元）

如果該企業(yè)2016年、2017年、2018年匯算清繳計算的年度應(yīng)納稅所得額分別為20 000萬港元、22 000萬港元、26 000萬港元，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)檢查，該企業(yè)2016年、2017年、2018年應(yīng)納稅所得額分別少計300萬港元、多計100萬港元、少計200萬港元，并于2019年9月30日確認補稅或者退稅。2016年、2017年、2018年、2019年8月和2019年9月最后一日港元對人民幣匯率中間價如表2-3所示：

則：

2016年少計所得300萬港元應(yīng)補稅款=300×90.332/100=270.996（萬元）

2017年多計所得100萬港元應(yīng)退稅款=100×90.332/100=90.332（萬元）

2018年少計所得200萬港元應(yīng)補稅款=200×90.332/100=180.664（萬元）

三、匯總納稅企業(yè)的匯算清繳方法

《企業(yè)所得稅法》第五十條第二款規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)的，應(yīng)當匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。《企業(yè)所得稅法實施條例》第一百二十五條要求，企業(yè)匯總計算并繳納企業(yè)所得稅時，應(yīng)當統(tǒng)一核算應(yīng)納稅所得額。

居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，應(yīng)依據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局中國人民銀行關(guān)于印發(fā)〈跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理辦法〉的通知》（財預(yù)〔2012〕40號，以下簡稱財預(yù)〔2012〕40號文件）和稅務(wù)總局公告2012年第57號及相關(guān)文件的規(guī)定，實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。居民企業(yè)在中國境內(nèi)沒有跨地區(qū)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)，僅在同一省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市（以下稱同一地區(qū)）內(nèi)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，應(yīng)執(zhí)行各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市稅務(wù)局制定的企業(yè)所得稅征收管理辦法。但居民企業(yè)在中國境內(nèi)既跨地區(qū)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)，又在同一地區(qū)內(nèi)設(shè)立不具有法人資格分支機構(gòu)的，其企業(yè)所得稅征收管理仍應(yīng)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”辦法。

（一）統(tǒng)一計算

統(tǒng)一計算是指居民企業(yè)應(yīng)統(tǒng)一計算包括各個不具有法人資格營業(yè)機構(gòu)在內(nèi)的企業(yè)全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。總機構(gòu)和分支機構(gòu)適用稅率不一致的，應(yīng)分別按適用稅率計算應(yīng)納所得稅額。

1）匯總清算方法　匯總清算是指在年度終了后，總機構(gòu)統(tǒng)一計算匯總納稅企業(yè)的年度應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納所得稅額，抵減總機構(gòu)、分支機構(gòu)當年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補。匯總清算的方法有：

（1）一般匯總清算方法。匯總納稅企業(yè)應(yīng)當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照稅務(wù)總局公告2012年第57號規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。

（2）總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的匯總清算方法。對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后按稅務(wù)總局公告2012年第57號第六條規(guī)定的比例（總機構(gòu)分攤50%、分支機構(gòu)分攤50%，下同）和按第十五條計算的分攤比例（分支機構(gòu)分攤50%中各分支機構(gòu)的分攤比例，下同），計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應(yīng)納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額，最后按稅務(wù)總局公告2012年第57號第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分攤就地繳納的企業(yè)所得稅款。概括起來說，就是“兩統(tǒng)兩分”。

2）報送資料　匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，總機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表和年度財務(wù)報表外，還應(yīng)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表、各分支機構(gòu)的年度財務(wù)報表和各分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機構(gòu)除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應(yīng)報送經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表、分支機構(gòu)的年度財務(wù)報表（或年度財務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）和分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。分支機構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，可參照企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表“納稅調(diào)整項目明細表”中列明的項目進行說明，涉及需由總機構(gòu)統(tǒng)一計算調(diào)整的項目不進行說明。

分支機構(gòu)未按規(guī)定報送經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)責(zé)成該分支機構(gòu)在申報期內(nèi)報送，同時提請總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)督促總機構(gòu)按照規(guī)定提供上述分配表；分支機構(gòu)在申報期內(nèi)不提供的，由分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)對分支機構(gòu)按照《稅收征管法》的有關(guān)規(guī)定予以處罰；屬于總機構(gòu)未向分支機構(gòu)提供分配表的，分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)還應(yīng)提請總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)對總機構(gòu)按照《稅收征管法》的有關(guān)規(guī)定予以處罰。

（二）分攤稅款

1）參與分攤稅款的機構(gòu)　總機構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)，就地分攤繳納企業(yè)所得稅。參與分攤稅款的二級機構(gòu)包括：

（1）二級分支機構(gòu)，是指匯總納稅企業(yè)依法設(shè)立并領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照（登記證書），且總機構(gòu)對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的分支機構(gòu)。

以總機構(gòu)名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構(gòu)，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，應(yīng)在預(yù)繳申報期內(nèi)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送非法人營業(yè)執(zhí)照（或登記證書）的復(fù)印件、由總機構(gòu)出具的二級及以下分支機構(gòu)的有效證明和支持有效證明的相關(guān)材料（包括總機構(gòu)撥款證明、總分機構(gòu)協(xié)議或合同、公司章程、管理制度等），證明其二級及以下分支機構(gòu)身份。

（2）視同二級分支機構(gòu)。總機構(gòu)設(shè)立具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門（非前述二級分支機構(gòu)），且該部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構(gòu)；該部門與管理職能部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構(gòu)。

2）不參與分攤稅款的二級分支機構(gòu)　此類機構(gòu)包括：

（1）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納增值稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機構(gòu)。

（2）上年度認定為小型微利企業(yè)的二級分支機構(gòu)。

（3）當年新設(shè)立的二級分支機構(gòu)。匯總納稅企業(yè)當年由于重組等原因從其他企業(yè)取得重組當年之前已存在的二級分支機構(gòu)，并作為本企業(yè)二級分支機構(gòu)管理的；匯總納稅企業(yè)內(nèi)就地分攤繳納企業(yè)所得稅的總機構(gòu)、二級分支機構(gòu)之間，發(fā)生合并、分立、管理層級變更等形成的新設(shè)或存續(xù)的二級分支機構(gòu)，不視同當年新設(shè)立的二級分支機構(gòu)。

（4）當年撤銷的二級分支機構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預(yù)繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。

（5）在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的二級分支機構(gòu)。

3）視同獨立納稅人的分支機構(gòu)　以總機構(gòu)名義進行生產(chǎn)經(jīng)營的非法人分支機構(gòu)，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表，也無法提供稅務(wù)總局公告2012年第57號規(guī)定的相關(guān)證據(jù)證明其二級及以下分支機構(gòu)身份的，應(yīng)視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。按規(guī)定視同獨立納稅人的分支機構(gòu)，其獨立納稅人身份一個年度內(nèi)不得變更。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于3項企業(yè)所得稅事項取消審批后加強后續(xù)管理的公告》（稅務(wù)總局公告2015年第6號）明確，匯總納稅企業(yè)改變組織結(jié)構(gòu)的，總機構(gòu)和相關(guān)二級分支機構(gòu)應(yīng)于組織結(jié)構(gòu)改變后30日內(nèi)，將組織結(jié)構(gòu)變更情況報告主管稅務(wù)機關(guān)。

4）分攤稅款和分攤比例的計算　下面分別介紹其計算方式。

（1）分攤稅款的計算。稅務(wù)總局公告2012年第57號第六條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)按照《企業(yè)所得稅法》規(guī)定匯總計算的匯算清繳應(yīng)繳應(yīng)退稅款，50%在各分支機構(gòu)間分攤，各分支機構(gòu)根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構(gòu)分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。

總機構(gòu)按以下公式計算分攤稅款：

總機構(gòu)分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當期應(yīng)納所得稅額×50%

分支機構(gòu)按以下公式計算分攤稅款：

所有分支機構(gòu)分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當期應(yīng)納所得稅額×50%

某分支機構(gòu)分攤稅款=所有分支機構(gòu)分攤稅款總額×該分支機構(gòu)分攤比例

（2）分支機構(gòu)分攤比例的計算。稅務(wù)總局公告2012年第57號第十五條規(guī)定，總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構(gòu)，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)；三因素的權(quán)重依次為0.35、0.35、0.30。

計算公式如下：

某分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30

分支機構(gòu)分攤比例按上述方法一經(jīng)確定后，除當年出現(xiàn)二級分支機構(gòu)撤銷和重組情形外，當年不做調(diào)整。

公式中，分支機構(gòu)營業(yè)收入，是指分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等日常經(jīng)營活動實現(xiàn)的全部收入。其中，生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)分支機構(gòu)銷售商品、提供勞務(wù)、讓渡資產(chǎn)使用權(quán)等取得的全部收入。金融企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指金融企業(yè)分支機構(gòu)取得的利息、手續(xù)費、傭金等全部收入。保險企業(yè)分支機構(gòu)營業(yè)收入是指保險企業(yè)分支機構(gòu)取得的保費等全部收入。分支機構(gòu)職工薪酬，是指分支機構(gòu)為獲得職工提供的服務(wù)而給予各種形式的報酬以及其他相關(guān)支出。分支機構(gòu)資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)在經(jīng)營活動中實際使用的應(yīng)歸屬于該分支機構(gòu)的資產(chǎn)合計額。

上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和上年度12月31日的資產(chǎn)總額數(shù)據(jù)，是依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定核算的數(shù)據(jù)。一個納稅年度內(nèi)，總機構(gòu)首次計算分攤稅款時采用的分支機構(gòu)營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額數(shù)據(jù)，與此后經(jīng)過中國注冊會計師審計確認的數(shù)據(jù)不一致的，不做調(diào)整。

（三）就地補退

1）匯算清繳補退稅款　匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)由總、分機構(gòu)分別結(jié)清應(yīng)繳的企業(yè)所得稅稅款；預(yù)繳稅款超過應(yīng)繳稅款的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)及時按有關(guān)規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。

匯總納稅企業(yè)未按照規(guī)定準確計算分攤稅款，造成總機構(gòu)與分支機構(gòu)之間同時存在一方（或幾方）多繳另一方（或幾方）少繳稅款的，其總機構(gòu)或分支機構(gòu)分攤繳納的企業(yè)所得稅低于按規(guī)定計算分攤的數(shù)額的，應(yīng)在下一稅款繳納期內(nèi)，由總機構(gòu)將按規(guī)定計算分攤的稅款差額分攤到總機構(gòu)或分支機構(gòu)補繳；其總機構(gòu)或分支機構(gòu)就地繳納的企業(yè)所得稅高于按規(guī)定計算分攤的數(shù)額的，應(yīng)在下一稅款繳納期內(nèi)，由總機構(gòu)將按規(guī)定計算分攤的稅款差額從總機構(gòu)或分支機構(gòu)的分攤稅款中扣減。

2）查補稅款的分攤和入庫　總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)加強對匯總納稅企業(yè)申報繳納企業(yè)所得稅的管理，可以對企業(yè)自行實施稅務(wù)檢查，也可以與二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)聯(lián)合實施稅務(wù)檢查。

總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)對查實項目按照《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定統(tǒng)一計算查增的應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額。總機構(gòu)應(yīng)將查補所得稅款（包括滯納金、罰款，下同）的50%按照依規(guī)定計算的分攤比例，分攤給各分支機構(gòu)（不包括不就地分攤繳納企業(yè)所得稅的二級分支機構(gòu)）繳納，各分支機構(gòu)根據(jù)分攤查補稅款就地辦理繳庫；50%分攤給總機構(gòu)繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫。

匯總納稅企業(yè)繳納查補所得稅款時，總機構(gòu)應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的稅務(wù)檢查結(jié)論，各分支機構(gòu)也應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和稅務(wù)檢查結(jié)論。

二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)配合總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)對其主管二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查，也可以自行對該二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查。

二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)自行對其主管二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查，可對查實項目按照《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定自行計算查增的應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額。計算查增的應(yīng)納稅所得額時，應(yīng)減除允許彌補的匯總納稅企業(yè)以前年度虧損；對于需由總機構(gòu)統(tǒng)一計算的稅前扣除項目，不得由分支機構(gòu)自行計算調(diào)整。二級分支機構(gòu)應(yīng)將查補所得稅款的50%分攤給總機構(gòu)繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫；50%分攤給該二級分支機構(gòu)就地辦理繳庫。

匯總納稅企業(yè)繳納查補所得稅款時，總機構(gòu)應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送經(jīng)二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的稅務(wù)檢查結(jié)論，二級分支機構(gòu)也應(yīng)向其所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送匯總納稅企業(yè)分支機構(gòu)所得稅分配表和稅務(wù)檢查結(jié)論。