撤藩令一下，11月21日吳三桂便以“共舉大明之物，悉還中華之乾坤”為旗號，在云南舉兵反叛。十二月，吳三桂反對撤藩叛亂，訊傳京師。玄燁大怒執其子額駙吳應熊下獄。詔削吳三桂爵，宣示中外。

京師民楊起隆偽稱朱三太子以圖起事，事發，楊起隆逃逸，其黨被誅。此為“朱三太子案”。玄燁由此罷了漢官參與祭堂子之禮。

事發后，朝野上下引起了一陣轟動，玄燁雖然心中惱火，但對于眼下的形式，到是有很大的信心...