終于，宇智波方面對村子漸漸疏遠。早在二代火影時期，由于木葉警備隊的設立，把宇智波孤立在上層之外，而現在高層懷疑幾年前九尾妖狐的出現，背后主使者便是宇智波。

而然誤解一開始就形成，在高層壓力和環境限制下，宇智波方面漸漸遠離木葉核心，他們私下籌謀著如何發動政變，從而奪取木葉統治權。

而宇智波鼬在這三年間，發現了宇智波禁地南賀神社，并在里面發現了忍者起源，查克拉由來，并了解了和平的真正含...