距離九尾襲擊木葉以后過去了兩個月。蒼月夜瞳現在10歲、宇智波鼬8歲、漩渦鳴人1歲、佐助1歲半。

木葉村不愧是五大忍村之中的佼佼者，經過一場戰亂之后，快速的恢復了生機，但是發生了一件大事，人稱‘三忍’之一的大蛇丸叛逃了。

志村團藏利用三代弟子叛逃木葉的借口，極力阻擋猿飛新之助再次出任火影管理木葉村，然而最終三代火影猿飛新之助從重新回歸政治舞臺，粉碎了志村團藏陰謀奪取政權獲得火影頭銜的...