顯微鏡、染色、分離培養(yǎng)這些常規(guī)的微生物學研究技術(shù)同樣應用于正常微生物群的研究。人體微生態(tài)系統(tǒng)相當復雜，在研究腸道菌群中發(fā)現(xiàn)，在光學顯微鏡下可直接觀測到的細菌總數(shù)中有40%～80%是不能通過傳統(tǒng)純培養(yǎng)技術(shù)培養(yǎng)出來的。分子生物學技術(shù)和宏基因組學技術(shù)的應用彌補了這些不足，極大地擴大了我們認識微生物的視野，使人們可以更深入地研究微生態(tài)系統(tǒng)。無菌動物與悉生動物技術(shù)可以使我們更加全面地宏觀地研究正常菌群對宿主的生理作用。針對菌群代謝產(chǎn)物甚至菌群對人體代謝的影響研究技術(shù)則為我們更直接地揭示正常菌群與人體健康和疾病的關(guān)系提供了新的途徑。