微生態系統（microecosystem）指在一定結構的空間內，正常微生物群以其宿主組織和細胞及其代謝產物為環境，在長期進化過程中形成的能獨立進行物質、能量及信息（包括基因）相互交流的統一的生物系統。生態系統由生物群落及其生存環境（空間）兩個要素組成，在宏觀生態學中，人類是以外界的空間為環境的如空氣、土壤、水及動物、植物等，而在微生態系統中，正常微生物群是生物群落，人體則是其生存的空間。根據這些微生物在人體所占的空間不同，微生態系統可以分為口腔微生態系統、胃腸道微生態系統、呼吸道微生態系統、泌尿道微生態系統、生殖道微生態系統和皮膚微生態系統。正常情況下，人體的微生物群與人體自身之間處于共生狀態，這是微生物與人類經過億萬年互為環境，同步進化的結果，一方面，人體為正常微生物群的生存和繁殖提供了場所和營養，并且不對它們引起強烈的免疫反應（免疫耐受）；另一方面，正常微生物群則對人體發揮著必要的生理功能，并且是我們機體不可分割的組成部分。我國微生態學奠基人康白教授提出微生態系統是人體的一個新的生理系統。