復雜性腎囊腫是臨床的一個診斷難題，因為它既可能是良性的，也可能是惡性的，要作出正確的診斷有時候比較困難。通常需要再完善腎臟增強CT。根據增強CT對腎囊性腫塊分級。根據腎臟囊性病變 CT 征象提出的分級標準，臨床醫生將需要手術的囊性病變和僅需要隨訪的病變區分開來。復雜腎囊腫可根據Bosniak分型決定是否需手術探查，尤其是Bosniak分級達到Ⅲ～Ⅳ者均需積極手術。

有時候即使做了腎臟增強CT也很難區分囊腫的良惡性，這時候醫生可能會建議采取其他的檢查方法，比如超聲造影檢查、腎臟增強MRI檢查等。腎臟超聲造影檢查對于復雜性腎囊腫的分隔和囊壁血供有較好顯示能力，有更高靈敏性，不易遺漏惡性病變，由于超聲造影對病灶血供顯示的高敏感性，對于一些良性病灶中細分隔處的微小毛細血管也能清晰顯示，可能導致假陽性診斷的發生，所以最終的結果需要醫生綜合判斷。