藍色的天空上，美國的運輸機運輸著三號機，但是奇怪的是當他們穿過一片云層時云層內有閃爍著電光。

另一邊，收到消息的美里跟真嗣說三號機會在松代進行啟動實驗，所有會在外面呆上一陣子。加持也會來代替美里看著他倆。

可是，當真嗣問美里三號機駕駛員是誰時美里卻默不出聲。門鈴響了，真嗣一開門，原來是劍齊。劍齊直接沖進房內，并求美里讓他來當EVANGELION三號機的駕駛員。但最后被拒絕了。

在前往松代的路上，赤木問美里真嗣知道駕駛員的事了嗎。

美里：誰知道啊，真嗣可精得很，說不定已經調查到了呢。

赤木：也是，就連我的防護代碼他幾乎都能破解，不簡單吶。

在學校，明日香回到了教室，這時她一臉難受的表情坐回了自己的位置。真嗣見狀尋問發生了什么。

明日香：誰知道啊，反正最近頭疼，又感覺很煩，胸口疼疼的，時不時還會有感到惡心，還想嘔吐。

聽完后真嗣表示震驚，眾人一臉懵逼，明日香問真嗣是我現在，真嗣卻說教室人多，不好說。

明日香：別賣關子了，我現在很煩。

真嗣：你剛剛所說的整合在一起的話，很明顯。你來親戚了。

明日香：......

真嗣：也不是什么大事，大多數都是這個年齡來的。

劍齊：你為何如此了解？

真嗣：額......無可奉告。

下午，真嗣和明日香正走在回家的路上，到了路口，真嗣往別的方向走去，明日香也跟去，尋問要去哪。真嗣說去摩托車店，明日香有點懵。

明日香：兩個月前你跟我爸媽說的不是15嗎？怎么會有機動車駕照？（日本16周歲就能考機動車駕駛證）

真嗣：其實兩個月前我的確是15，只不過是周歲，那次見完你爸媽后的幾天就我滿16周歲了。這兩個月也把駕照考了，所以今天想去買臺車。

兩人到了車店，真嗣一眼相中一臺紫色的摩托，沒有猶豫直接買下了這臺摩托。

店長夸真嗣會買，一眼相中了鎮店摩托，并且外送了兩頭盔。真嗣把錢給了店長，坐上了心儀的摩托馳向遠方。

回家路上，真嗣跟明日香討論起了冬二，因為最近冬二好像有心事，最近他經常一個人躲在某處，不想與人交談。

晚上，加持在洗澡，明日香看著電視，真嗣看著書，十分安靜的房間多么的正常，而這時，真嗣一句話打破了這一安靜。

真嗣：那個，明日香，你知道三號機的駕駛員是誰嗎？

明日香：沒聽說，你知道嗎？

真嗣：嗯......不知道。

加持洗完了澡出來，看到這一安詳的場景，有一種父親的感覺。如同“母親出門在外，兄妹倆跟著父親暫時生活在一起”一般。

深夜，明日香回房睡了，真嗣和加持隔著一段距離睡在一起，但是，兩人都還沒有入睡。

真嗣：加持先生，你睡著了嗎？

加持：還沒。

真嗣：那個，我想問一下，你最近都去哪了？而且有很長一段時間沒見到你了。

加持：哦？我還以為你會問關于你父親的事呢。

真嗣：......

加持：最近我是出去辦事了，上頭交給的秘密任務。

真嗣：秘密任務？

加持：嗯，而且還不能說，因為這可能會影響到人類生死存亡。

真嗣：這么嚴重。

加持：所以說還是不要問的好，以免被其他人聽到。

真嗣：嗯。

過了幾天......

三號機距離實驗開始還有300分鐘，目前系統一切正常。臨時系統控制室內，看了一下三號機的各個數據和系統數據，一切正常，現在只要實驗正常結束之后就可以投入實戰中了，并且三號機也會配備到日本NERV中。即使把四號機還給了歐洲NERV，日本NERV也獨占四臺EVA，完全可以毀滅世界。

學校里，今天冬二沒有到校，洞木十分擔心，明日香也安慰說他不會有事的。樓頂上，劍齊問真嗣三號機是誰來駕駛，劍齊認為是冬二，因為今天就冬二沒有到校。一旁真嗣露出了驚訝的表情，還好劍齊沒看到。然后真嗣說不可能，因為冬二他沒理由去駕駛那賭命的玩意。

時間到了，三號機駕駛員到位，插入栓插入到EVA里面了，EVA隨之啟動。

Brain circuit connection is normal（腦回路連接正常）（軟件自翻譯，若有錯誤請見諒）

三號機成功啟動，但是三號機眼睛部分卻發出了紅光，系統也出現錯誤，實驗中止，切斷回路。

可卻沒有反應，機體內也出現了高能量反應，系統檢測，圖樣為藍色，確認為使徒。

隨著一聲巨響，發生了爆炸。NEVR收到消息后立刻派出救援隊前去救援。MAGI檢測到發生地點有不明移動物體，圖樣為藍色，全員進入一級戰斗戒備。地面部隊準備迎擊，初號機，二號機，零號機，均已到達待命地點。

黃昏之時，三臺EVA在待命地點等候著敵人的到來，MAGI連接了三臺EVA，將圖像投影到主屏幕上了。

沒過多久，敵人出現了。映入大家眼中的不是以前那樣的使徒，而是EVA三號機。MAGI連接三號機，發出彈出插入栓的信號，但被強制拒絕，駕駛員也還有呼吸和心跳。碇司令決定將evangelion三號機舍去，重新定為第13使徒，要求對其發動攻擊。

指令發送給各EVA駕駛員后，紛紛開始行動，三號機緩緩向前移動。

真嗣：果然，三號機的駕駛員是他。

明日香：三號機駕駛員倒是是誰啊，真，啊！

通話斷開了，在二號機的待命地點那，只剩下倒在地上的二號機了，明日香彈出插入栓成功逃脫。而三號機任在移動，向著零號機附近前進。

碇司令：麗，先避免近戰，然它到達初號機的待命點后你們兩個前后夾擊擊斃它。

麗：是。

三號機經過了零號機的待命地，走著走著，突然猛的向后一跳，直接將零號機摁倒在地，三號機手部流下了侵蝕液體，侵蝕了零號機的左手，這種情況下只好將左手與機體的連接斷開。

解決了零號機和二號機的三號機向初號機方向移動，還有兩公里便于初號機相遇，碇司令下令要真嗣將三號機解決。

真嗣：但是，上面坐著的，不是冬二嗎？

三號機不斷的向初號機方向前進，但真嗣遲遲未動手，三號機向初號機發起進攻，初號機用槍格擋。三號機背后又長出一雙手臂，四只手瞬間延長，兩只掐著初號機的脖子，另外兩只壓著初號機的兩只手。被使徒侵蝕的三號機力量過于強大，初號機被壓的無法反抗。

維持生命系統出現了異常，真嗣也有生命危險了，冬月命令將同步率降低到60%，碇司令卻制止了。

碇司令：真嗣，為什么不戰斗。

真嗣：但，那上面的，不是，冬，二嗎。殺人我，可，做不到。

碇司令：沒關系，現在它是使徒，是敵人。

真嗣：可是，上面還有人吶。

真嗣在怎么解釋碇司令都沒有理會他，下令把駕駛員和初號機之間的連接切斷，并將模式調為新研發的傀儡模式。即便傀儡模式還有許多的不足但依然下令啟動。

隨著連接的切斷，傀儡模式啟動了，真嗣面前的顯示板出現了一串英文-Puppet mode Start.（傀儡模式，啟動）

初號機的神經與傀儡模式完全連接，雖然有著32.8%的感情成分無法顯示，但依然下令開始進攻。

進攻開始的瞬間，初號機的眼睛發出了紅光，傀儡模式完全啟動了。初號機掙脫了三號機的束縛，也開始掐三號機的頸部了，由于傀儡模式下的初號機沒有痛覺，瞬間將戰局逆轉了回來。一段時間后，初號機將三號機的脖子掐斷了，三號機發出了嚎叫，四只手也停了下來。

但是傀儡模式設定為要將敵人完全清除，所有即使三號機死了傀儡模式也不會停下攻擊。初號機將三號機狠狠的摔倒在地，一拳把三號機整個頭給打碎了，血液四處噴涌，然后初號機不斷的撕扯著三號機的外甲，將其分尸。流出的血液染紅了一整條河，噴射出動血液也染紅了周圍的房屋。大街，紅綠燈，也是如此。

真嗣不斷的請求父親住手，碇司令對真嗣的請求保持沉默。

初號機將三號機撕扯成渣，插入栓也被初號機一捏所破壞掉，真嗣卻只能眼睜睜的看著這些事情的發生，無能為力。

使徒被完全擊斃，傀儡模式也停下了攻擊。

隨后救援部隊將幸存者救出，美里得知此事后安慰真嗣，雖然人可以說不是真嗣殺的，但真嗣雙手沾滿了鮮血是無法改變的了。美里想要告訴真嗣第四位適格者時，真嗣告訴美里自己早已知道了，當救援隊把三號機插入栓中的駕駛員時，駕駛員的確是冬二，但是三號機駕駛員在實驗完成之前屬于高級機密，而且數據輸入進去后才只有一天不到，破解密碼也要許久，真嗣又是從何而知的，他也沒有告訴美里。

另一邊，天空上的那一感染了三號機的那個云層突然爆炸，煙霧中隱現出裝備著飛行裝置的四號機。

阿諾斯：Report，No.13AngelHave been eliminated，Return now。（報告，第13使徒已消滅，現在返航）

總部：Received（收到）

說完阿諾斯向遠處飛去......

第六章第三集-完

預告：由于不遵守命令被迫放棄EVA的真嗣離開了城市，但是最強使徒-力天使的突然來襲釀成了另一個慘劇。

第六章第四集-賭命的戰斗