東方末和藍天畫與斗龍戰士假裝徹底決裂，凱風召喚進化版加比納?，F在雷古曼和加比納都進化了，就在大家松了一口氣時，東方末和藍天畫也召喚出進化版卡維力和森美拉，這時候斗龍戰士少年武甲告訴其他斗龍戰士配合，戰局對斗龍戰士們假裝不利。在萊達星獸基地，太古教授復活十二星龍。雷古曼和加比納假裝慘遭秒殺，眾人假裝陷入危機。

兇獸龍劫持東方末和藍天畫，以及卡維力和森美拉，把他們直接丟在島上。兇獸龍要東方末等人找回龍的密令，以幫他們成為最強的斗龍戰士為交換條件。東方末與藍天畫偷偷通過少年武警機甲告訴斗龍戰土，從而做做一個臥底。

兇獸龍將恐龍令交給東方末和藍天畫，恐龍令能召喚兇獸龍，還能復活原始恐龍，擁有強大的黑暗能量。東方末等人服下毒龍芯，若是十四天內找不到龍的密令，由于有少年武警機甲有凈化力量，他們不就會毒發身亡。東方末復活一匹原始恐龍后，把他們帶回人類世界。東方末一眾來到某處地下遺跡，用恐龍令的力量把這里改造成基地，隨后便向圣龍學院出發。同時，也偷偷利用少年武警機甲傳輸機密的，小熠等人在圣龍學院四處尋找作亂的原始恐龍，在天臺遭遇假裝自稱“斗龍天團”的東方末一伙人。