腧穴知識來源于醫療、生活實踐。我們的祖先在生活、勞動中經常受到意外的損傷，常常自發地用手按揉、捶擊，或偶然地進行火燎、燒傷，或被亂石、荊棘刺傷，但卻可以消除身體某些病痛。這種偶然現象，反復多次，久而久之，便逐漸意識到人體某些特殊部位具有治療疾病的作用。

正是我們的祖先在長期與疾病作斗爭的過程中，陸續發現人體上有不少反映病痛和治療病痛的特殊部位，在這個基礎上，經過反復實踐、認識，于是形成“腧穴”的概念?！半蜓ā备拍畹男纬?，一般推論與以下幾個方面有著密切的關系：一是哪里有病痛就在哪里治療，即以痛處作為“砭灸處”，《黃帝內經》（簡稱《內經》）稱此為“以痛為輸（腧）”；二是通過一些無意的、偶然的發現，在距病痛較遠的某個部位被誤傷而治好病痛。如誤傷大指末端內側出血，卻使原來的喉痛大減，經過反復實踐，于是認識到這個部位刺血可以治療咽喉疼痛；三是在進行檢查時，發現按壓某個部位，患者感到特別疼痛，這種壓痛點經過長期的臨床觀察，認識到體表的某些部位與某些疾病有著特殊的內在聯系，于是當患這些疾病時，就在這些部位檢查壓痛點并進行治療；四是在檢查某些部位時，患者不是感到疼痛，而是感到特別舒快，針灸這些部位，病癥也獲得緩解。《內經》所說的“按之快然乃刺之”和“應在中而痛解”，指的就是這個意思。

時至舊石器時代的晚期和新石器時代，人類已經能夠打制一些石器。用石刀、石箭頭來點刺膿瘍。后來“山頂洞人”又打制骨針，用來點刺、破癰、放血，這種尖銳石器，后世叫做“砭石”，由于“砭石”的出現，加速了腧穴的發現進程。

腧穴初期并無固定的部位，也沒有一定的名稱，只是把病痛的局部作為刺灸的部位，這就是“以痛為輸（腧）”階段。后來隨著醫療實踐經驗的積累，才把一些“按之快然”的部位，稱作“砭灸處”。這些“砭灸處”只有部位，而無名稱。隨著醫家的不斷實踐、認識、再實踐、再認識，從而將某些腧穴的部位固定下來，還明確了主治，逐漸形成了經絡與腧穴的密切關系。到了春秋戰國時期，《黃帝內經》便將腧穴的部位、名稱、歸經、主治等內容固定下來，這是腧穴發展的第三階段。

隨著中醫事業的發展，古人陸續地發現了不少奇穴，補充了腧穴的內容。中華人民共和國成立后，還發現了不少新穴，使腧穴理論得到不斷的充實和發展。