現在忍界的歷史已經發生巨大改變。七秀成為初代水影，回歸后干預了忍界正常的進行。

止水本該被團藏奪取萬花筒寫輪眼，含恨死去，但在七秀的指引下他成為了忍界頂尖的忍者。

在鳴人出生前止水告知水門有蒙面人想要偷襲玖辛奈，水門因此有所防備，本該在鳴人之夜死去的水門夫婦也活了下來。

本該墮入黑暗中的帶土，也因為被水門識破了身份，被帶回木葉改過自新。

本該成為木葉黑暗的志村團藏，被止水用...