逃離錫安，駕駛電磁船在廢棄甬道中漫無目的朝更深處飛馳，崔妮蒂心中的悲傷難以自抑。

人類與機器和解后，墨菲斯的船組解散，墨菲斯因為錫安做出突出貢獻而進入議會。墨菲斯曾是救世主尼奧和崔妮蒂的船長，同時也是“救世”派的領導人——他相信先知的預言，堅持尋找救世主，喚醒尼奧……可以說他做了一切！

墨菲斯自始至終都站在尼奧這邊，一直到最終大戰，他都是尼奧最堅定的戰友。

和解之后，同樣是墨菲斯...