卻說南方獨立軍組成廣東軍政府，公然反抗北方，雖然在很多細節上聯合軍各執己見，但是大家對代理馮總統依法繼任倒是意見統一。段祺瑞解散國會，主張武力，一直都是南軍的仇敵，所以馮總統電告全國后，廣東軍政府也跟著致電道：

溯自西南興師，以至本軍政府成立以來，于護法屢經表示，除認副總統代理大總統執行職務外，其余北京非法政府一切行為，軍政府萬無容認之余地。乃者大總統法定任期無幾，大選在即，北京自構機關...