1582年6月12日，羽柴軍和明智軍在圓明寺川隔河相對(duì)，山崎地區(qū)由于連日的陰雨，形成了大片的沼地。大軍能通過的地方只有天王山和沼地之間的空地。本來人數(shù)占優(yōu)勢(shì)的羽柴軍，無法展開有效的攻勢(shì)，只跟明智軍有一些小的摩擦。黑田官兵衛(wèi)建議與羽柴秀長一起占領(lǐng)天王山。秀吉提醒道：“光秀的部隊(duì)以前就以擅長使用鐵炮聞名，天王寺山又易守難攻，此去千萬要小心啊。”“大人放心，我夜觀天象，明日必有大雨。鐵炮在雨天無法發(fā)揮應(yīng)有的戰(zhàn)力?！薄扒f小心?！薄笆?。”

果如官兵衛(wèi)所言，6月13日下了一天的大雨，直到下午4點(diǎn)，雨勢(shì)才緩緩變小。在山崎的明智軍先鋒伊勢(shì)貞興、齋藤利三率先發(fā)起進(jìn)攻，殺向了中川清秀和高山右近隊(duì)。兩人不敵連退數(shù)里，直到羽柴秀吉本隊(duì)的堀秀政率兵增援，才維持住戰(zhàn)線。分兵襲擊天王山的黑田官兵衛(wèi)、羽柴秀長以及神子田正治也與天王上守將松田政近和并河易家展開了戰(zhàn)斗。由于上午的大雨，許多鐵炮和火藥都沾滿了水漬，讓明智軍鐵炮的殺傷力大大下降，羽柴軍占據(jù)優(yōu)勢(shì)。整個(gè)戰(zhàn)場呈現(xiàn)了一進(jìn)一退的態(tài)勢(shì)。

改變戰(zhàn)局的關(guān)鍵，是羽柴軍的池田恒興、元助父子和加藤光泰三人。三人沿淀川北上，悄悄的渡過了圓明寺川奇襲了明智軍的津田信春隊(duì)。津田隊(duì)被三面包圍，瞬間混亂，士兵慌亂逃跑。見池田軍渡河成功，丹羽長秀和織田信孝也緊跟開始渡河，大有從右翼直取光秀本陣的意思。中川、高山兩隊(duì)見明智軍右側(cè)大亂，趁勢(shì)反殺了回來。明智軍最后全軍動(dòng)搖，導(dǎo)致總崩。伊勢(shì)貞興派人給光秀傳話，“我自舍命殿后，請(qǐng)您快跑！”之后殺入亂軍之中戰(zhàn)死。明智軍主力齋藤利三隊(duì)最后也無力回天，只能率軍逃跑。和黑田官兵衛(wèi)交戰(zhàn)的松田政近也是死戰(zhàn)到底，最后寡不敵眾。明智光秀率領(lǐng)余部逃往騰龍寺城，羽柴軍由于前線的高山、中川兩隊(duì)傷亡慘重也沒能馬上展開追擊。

明智軍士氣大大受損，由于縢龍寺城不大，無法收容大軍，士兵們相繼逃走，最后只剩下700余人。明智光秀舍棄士兵，僅帶貼身侍衛(wèi)4，5人，向坂本城逃去。在行至小栗棲村樹林時(shí)，被專門靠襲擊逃跑武士為生的農(nóng)民用竹槍刺死，享年54歲。日本成語“三日天下”講述的就是明智光秀，比喻短命的政權(quán)。其實(shí)從信長死亡到光秀死亡已經(jīng)過了13天。6月14日，羽柴方的堀秀政隊(duì)率先展開追擊，追到縢龍寺城與明智秀滿展開激戰(zhàn)，殺死敵兵300余人。明智秀滿敗逃回坂本城，在獻(xiàn)出明智家的家寶后，將明智光秀的妻子殺害，并與溝尾茂朝、明智光忠自殺。同時(shí)，中川清秀、高山右近二人向丹波龜山城進(jìn)軍，光秀之子明智光慶自殺。至此，明智家基本全滅。6月16日，進(jìn)入京都的羽柴秀吉對(duì)南、北近江的領(lǐng)主發(fā)出招降的書信，逃往長濱城、佐和山城的阿閉貞征父子、山崎片家望風(fēng)而降。6月17日，明智軍第一猛將齋藤利三在堅(jiān)田被捕，被押送到六條河原施以磔刑。之后，羽柴秀吉向其他沒能趕上討伐明智光秀的織田家眾將發(fā)去信函，約定于6月27日，在尾張國清州城召開會(huì)議商議織田家的繼承人。

再說被困在關(guān)東的瀧川一益。6月16日北條氏直向倉賀野方面進(jìn)軍。瀧川一益先下手為強(qiáng)，于6月18日連續(xù)攻占了北條氏邦支配下的川井城和金洼城，并在金洼平原設(shè)好埋伏打得北條氏邦和北條氏直抱頭鼠竄。6月19日，北條氏直率2萬兵卷土重來，在神流川附近與瀧川一益交鋒，但沒過多久又被瀧川一益的3000人馬打得連退數(shù)里。北條氏政見狀，下令北條氏規(guī)率領(lǐng)1萬人馬從背后包圍瀧川軍。瀧川一益見本來約定前來支援北條高廣遲遲沒有出兵，便知大勢(shì)已去，放聲喊道：“生死有命，富貴在天，大家跟我沖啊！”最后，瀧川一益只剩30余騎，但終于突破了北條氏規(guī)的包圍，而北條方已戰(zhàn)死300多人。之后，瀧川一益逃往廄橋城，在經(jīng)過城下的長昌寺時(shí)，祭奠了在神流川一戰(zhàn)死亡的將士。20日，一益退至箕輪城，設(shè)宴與上州的領(lǐng)主們告別，并釋放了作為人質(zhì)的北條高廣的次男。酒席上，一益親自打鼓助興，并感謝上州眾人對(duì)自己的支持。最后，一益將自己珍藏的寶刀、金銀和茶具等送給大家，以示友情，并在深夜離城而去。

6月21日，瀧川一益來到松枝城見到了女婿津田秀政，兩人合兵一處總計(jì)2000人一同向西退去。之后，來到由手下道家正榮把守的小諸城。為了順利通過木曾義昌把守的木曾谷，瀧川一益將之前收納的人質(zhì)都送給了木曾義昌，其中包括依田康國和真田昌幸的母親等人。木曾義昌大喜，答應(yīng)一益可平安通過。6月27日，瀧川一益留下命令給道家正榮，將小諸城托付給投降德川家康的依田信藩，之后啟程往美濃國行進(jìn)。

6月28日深夜，經(jīng)過一天急行的瀧川一益，終于趕到了尾張國清州城，但還是沒能趕上重要的“清州會(huì)議”，同時(shí)也因?yàn)楸槐睏l軍打敗，沒有獲得任何領(lǐng)地與賞賜。瀧川一益一進(jìn)城就首先來拜訪筆頭家老柴田勝家，“一益，你終于回來了，沒事吧！”柴田勝家急忙迎出門外。“托柴田大人的福，總算是平安回來了。會(huì)議怎么樣？信孝大人繼位了沒？”柴田搖了搖頭，苦嘆了一聲：“唉，你要早回來一步，豈容那個(gè)猴子張狂啊。繼位的是一個(gè)只有2歲的小孩。”“啊！？”……

原來在6月27日舉行的清州會(huì)議上，羽柴秀吉以討伐明智光秀的功勞占盡了主動(dòng)，并早已與丹羽長秀、池田恒興交好。柴田勝家孤立無援，又處于被動(dòng)，只能在領(lǐng)地方面多爭取了一些。首先在會(huì)上，柴田勝家指出應(yīng)立信長三子織田信孝為繼承人，而羽柴秀吉?jiǎng)t找來了織田信忠的兒子，只有2歲的三法師（之后的織田秀信）。丹羽和池田表示，由于織田信孝曾經(jīng)作過神戶氏的養(yǎng)子，所以三法師從血統(tǒng)的正統(tǒng)性上勝出，但由于三法師年幼，信孝作為輔導(dǎo)人。柴田勝家只能默認(rèn)。在織田領(lǐng)土的再分配問題上，織田信雄繼承了尾張國，織田信孝繼承了美濃國，信長四子織田秀勝成為羽柴秀吉的養(yǎng)子改名羽柴秀勝繼承了丹波國。柴田勝家除了原有的越前國外，還獲得了長濱城和北近江國的3郡。丹羽長秀除了原有的若狹國外，還獲得了近江國2郡。池田恒興獲得了攝津國的3郡。三法師獲得近江國坂田郡的領(lǐng)土，并常駐安土城。羽柴秀吉除原有領(lǐng)土外，獲得了山城國之地。

清州會(huì)議后，織田家分成了支持織田信雄、織田信孝、三法師的三大勢(shì)力。而在清州會(huì)議丟盡了面子的柴田勝家，也正在醞釀如何向羽柴秀吉報(bào)仇。