努爾哈赤言畢，諸王大臣皆互相對視一眼，驚余之下，便齊聲呼道：“汗英明在世，明察秋毫，我等定當誓死報忠。
也是在這一年，大明朝發生了一樁驚天動地之事，一個人名叫朱祤鈞的人死了，嚴肅地說是駕崩了，是誰這么大膽竟敢用“駕崩”，那當然只有皇帝了，是哪個皇帝？當然是萬歷皇帝了。
公元（1620）年，萬歷四十八年七月二十九日，萬歷皇帝面容蠟黃，骨瘦如柴，呼吸急促，幾乎就要停止呼吸。弘德殿內到處人滿為患，后宮妃子們已哭成一團，光潔明亮的地磚上早已跪滿了大臣，御醫等。一名御醫正在使出渾身解數搶救昏死過去的萬歷皇帝，只見他挽起衣袖，汗珠不時自額頭滴下，一會看看這兒，一會瞧瞧哪兒。過了幾個時辰，在他的努力下，那萬歷皇帝終于緩緩睜開已塌陷的雙眼，直勾勾盯著房梁。
榻邊的御醫急忙問道：“皇上，皇上。萬歷皇帝看來還知曉自己是皇帝，在御醫的呼喚下轉過了頭，看來神智尚且清醒，御醫心里一陣竊喜，遂倒退幾步而立。這時，萬歷皇帝忽然開口說道：“速去召英國公張惟賢，大學士方從哲，尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、張問達、黃克纘、侍郎孫如游等覲見。不過多時，英國公張惟賢，大學士方從哲等大臣陸續趕至，萬歷皇帝令方從哲書寫遺詔，自己死后由太子朱常洛（光宗）繼位，罷黜一切苛捐雜稅，又多添幾項織造項目。
苦苦支撐幾日，到得八月初二日，那萬歷皇帝竟然不省人事，昏睡一日，終于與世長辭，享年五十有八（1563－1620）臨別時，還不忘勉勵一番大臣，令他們勤于政事，愛惜百姓，多為國家出力（他自己可是懈怠國事）。
萬歷皇帝死后葬于定陵，上廟號神宗。關于他的死，眾說風云，但是可以肯定的是他的死固然與別人無關，而是他自己一生肆意揮霍，縱欲過度，嗜酒成命，導致身體虛弱，傷病纏身，最終而亡。
萬歷皇帝是死了，但他也打破了幾項明朝記錄，記錄一：他是明朝在位時間最久的皇帝（四十八年），記錄二：他也打破了他爺爺嘉靖朝的記錄，晏居深宮三十年，與大臣展開拉鋸戰，陣勢一點也不遜色于他祖父。
都說雁過留聲，人過留名，萬歷皇帝雖說幾十年不上朝，怠于政務，但不能說他是個昏君。觀其一生，他也有干過幾件大事，舉例如下：
萬歷十三年（1585）正月，四川建武發生兵變，總兵沈思學被擊傷之。萬歷皇帝親自指導這次叛亂，經過長達五個月時間，最終平叛此次作亂，建武所亂卒皆被誅殺，在這中間，南京地震，京師自去年八月開始，便一直不曾下雨。到了十三年四月，萬歷皇帝見老天大旱，這便下詔全國進行一次反查冤獄案，接著在老祖宗朱元璋老家AH鳳陽，釋放了一些輕罪之犯。四月二十四日，又親率諸王大臣步行至南郊（天壇），看來他很會鍛煉身體，為何卻最后死于疾病纏身？還是問他自己吧；
萬歷皇帝在褚大臣的簇擁下，深深三拜，祈求上蒼顯靈，下點雨吧；拜畢，他便起身面諭褚臣自責道：“這老天大旱雖是朕德有缺失，然天下官員皆有貪婪，剝削加害于百姓，為此，致使上天降罪，不佑與我大明也，你等聽好了，今后選用官員務必慎重仔細。褚臣群呼一聲：“皇上英明。萬歷皇帝繼續說道：“自即日起，罷黜全國受災良田租稅，至于何時收稅，待上蒼降雨之后再議，褚臣又齊呼一聲。
不知是不是萬歷皇帝的三拜感動了上蒼，就在他拜完一月后，天空忽然烏云密布，不時就見雷鳴閃電，繼而細雨蒙蒙落滿大地，于是上至天子，下至黎民，皆歡呼不已，興奮不止。這雨是下了，萬歷皇帝也高興了，可過了一月，四川松潘衛（今AB州一帶）少數民族又叛亂了，萬歷皇帝又親自指揮戰斗，沒過一月便解決了叛亂。
萬歷十七年（1589）正月，亂子又來了，太湖、松江府（今上海一帶），叛賊劉汝國等燒殺擄掠，四處作亂，萬歷皇帝令安慶指揮使陳越前往討伐，可誰知這陳越毫無戰斗力，遂致官兵大敗，后陳越竟被斬首于陣中。萬歷皇帝聞知大怒，繼而又令吳淞指揮使陳懋功前往討賊。陳懋功不負眾望，經過一番縝密計劃，最終將叛賊一網打盡，誅滅之。
萬歷二十年（1592）三月，寧夏副總兵哱拜據城造反，哱拜乃韃靼人士，嘉靖中期因得罪其部落首領，父親兄弟皆被殺害，哱拜只身逃亡，來降大明。督撫王崇古，石茂華見其驍勇善戰，后又屢立功勛，遂奏報嘉靖皇帝，繼而官封副總兵。
或許是這輩子殺人如麻，又或許是上輩子欠了不少債，這哱拜生了個兒子承恩，居然長了一副狼的身形，性情暴戾，據說兒子出生當晚，老子哱拜做了個怪夢，夢見有一妖物鉆入妻子體內，大施妖威，迫使妻子生了個怪胎（估計是早產）。
后哱拜漸老，遂奏請萬歷皇帝，將爵位傳于兒子承恩。萬歷十八年（1590），洮、河二州遭青海部落首領火落赤、真相侵犯，有御史周宏彈劾承恩與指揮土文秀，以及哱拜義子哱云等人坐山觀虎斗，對火落赤的侵略視若無睹。。隨后萬歷皇帝便令黨馨巡撫寧夏，黨馨到得寧夏后，這便寫下征討書，遂令土文秀領兵西援。
就在此時，哱拜見黨馨對他父子三人視而不見，遂悄然拜竭經略使鄭洛，表示自己并未垂老，還可作戰，愿與子隨從出師。鄭洛聽后，并無他見，繼而答應了他的請求。后黨馨厭惡其毛遂自薦，遂對他父子不加友好，嗤之以鼻，為此與哱拜結了心怨。
出師后隊伍行至金城（蘭州），大軍迫使火落赤后退，隊伍回撤時，遇蒙古騎兵竟皆奔至僻靜處，黨馨見其有護蒙古之心，遂曾幾次數落哱拜，又論承恩二十項罪狀，之后又有土文秀、哱云以哱拜為故，也經常埋怨黨馨。
萬歷二十年（1592）三月，哱拜唆使軍中前鋒劉東旸、許朝作亂。幾人經過縝密計劃，遂殺巡撫黨馨及副使石繼芳，逼迫總兵官張維忠自縊。哱云、土文秀殺游擊梁琦，守備馬承光。接著，劉東旸自稱總兵，奉哱拜主謀，承恩、許朝各為左、右副總兵，哱云、土文秀為左、右參將。緊接著，承恩一路高歌猛進。攻陷玉泉營、中衛、廣武、又取河西四十七堡。后又渡過黃河，誘使河套著力兔、宰僧侵犯平虜、花馬池，于是全陜皆震動。
京師，當哱拜造反的消息傳到萬歷皇帝的耳根，這平日里三不管的皇帝，此刻也大為驚奇，憤怒之下，這便召見內閣大臣，商討破敵之策。有內閣王錫爵力薦一人，此人名叫魏學曾，字惟貫，陜西涇陽人，嘉靖三十二年進士，這之前曾任南京戶部尚書，后致仕歸家。萬歷十八年（1590），火落赤、真相犯洮河，副總兵李奎、李聯芳先后被殺，朝廷命尚書鄭洛經略七鎮，兼領總督，誰料鄭洛堅決不兼總督之職。十九年春，在大學士王錫爵的推薦下，萬歷皇帝啟用學曾，遂令其總督陜西、延安、寧夏、甘肅軍務。學曾奉命到得駐地，因鄭洛專政跋扈，遂與其不合，后兵部尚書石星見二人不謀，隨后以宣府、大同軍事告急，召鄭洛回京師。為此，他對學曾也頗有微詞，學曾有好幾次上疏他皆置之不理。
且說哱拜之子承恩既已取河西四十七堡，學曾聞知大驚，遂書寫征討書令副總兵李昫率游擊吳顯奔靈州，又遣游擊趙武赴鳴沙洲，一路沿河而行遏制賊兵南渡，自己駐扎花馬池。李昫渡河，賊兵聞官兵人眾，遂多半遁走，于是四十七堡皆被收復，但獨惟寧夏尚有賊兵據城抗拒。又加著力兔等人互相呼應，處境曾一度尷尬。
哱拜與土文秀在玉泉營阻擊趙武，哱云領著力兔攻平虜。平虜參將蕭如薰堅守城池，哱云中伏被射殺身亡，后李昫率兵援救，方才解其圍，著力兔見哱云已死，遂領兵逃走。