任性而孤僻的富家小女孩瑪麗因為一場突來的瘟疫變成了孤兒，被送往英國一處古老莊園里的親戚家中收養。在幽僻寧靜的鄉野和淳樸的鄉人中間，她的性情漸漸變得平易。一天深夜，循著神秘大宅長廊一端傳來的隱隱哭聲，她被帶到了一個同樣古怪而孤獨的小生命面前。瑪麗的表兄，大宅的少主人科林生來體弱，長年臥病在床，性情乖戾難測。為了幫助科林，瑪麗帶他進入了莊園里被關閉多年的秘密花園。孩子們在生機蓬勃的小天地里不受干擾地玩耍，學會了友愛待人，恢復了純真快樂的天性。一個因牽涉死亡記憶而被關閉的花園，現在，因為新生命在其中煥發出的活力，被重新開啟。這不能不說是自然力的秘密，生命力的奇跡。