《南明史》本書特點是基本上以大順軍、大西軍余部及鄭成功等民眾抗清斗爭為主線；貫串全書的脈絡是強調歷時二十年的抗清斗爭失敗的主要原因是抗清勢力內部矛盾重重，嚴重分散，抵銷了抗清力量。南明的歷史，包括了大順軍攻克北京及清軍入關問鼎中原以來，直到康熙一年夔東抗清基地覆滅的各地反清運動的歷史。它是群雄爭霸又是明朝的延續，也是清初歷史的一個主要組成部分。稱之為“南明”是因為以北京為都城的明朝業已覆亡，這段時期的戰斗主要在南方展開，又是在復興明朝的旗幟下進行，而弘光、隆武、魯監國、永歷朝廷都是在南方建立的。但是，抗擊清朝的暴虐統治，并不僅限于南方，陜、甘、晉、冀、魯、豫等地的抗清運動連綿不斷。《南明史》史料扎實，內容豐富，被譽為南明史研究的里程碑，曾獲中國國家圖書獎和北京市哲學社會科學優秀成果一等獎。