《默示錄Alice1》是以未來日本為背景的架空小說。在故事中，全球均籠罩在一種名為“迷宮病”的病毒的陰影之中。這種病毒只會感染妙齡少女，使之發病，其所在地區也會在一定時間后變成迷宮。男主角有棲真之介也在十年前失去了染上此病的妹妹——有棲咲。真之介不愿茍同世人只想清除患病少女的做法，他想救出患病的妹妹！所以，他憑借一己之力不斷攻略大小迷宮，獲得更強大的魔法。變強大的真之介回到日本，就讀了專門為攻略迷宮而設的高中，結識了許多志同道合的伙伴，并與他們一起攻略迷宮，為了救出罹患奇癥的妹妹而不斷前進。