《費密學案》以學案的形式對明末清初四川新繁著名學者費密（1625—1701）及其思想進行全面研究，以表彰其人。全書主要內容分五部分，一為生平事跡，簡述費密人生經歷。二為著述考錄，對費密存佚著述51種400余卷逐一鉤沉。三為學術源流，以家學、師承、交游、門人分類立傳，考略費密學術淵源與流傳，其中家學5人，師承2人，交游84人，門人35人。四為學術要旨，著重介紹費密“新道統的構建”“中實思想”“尊古經與崇先儒”的學術思想，附及其詩文書法。五為論著輯評，分“論道與經”“論道統與道脈”“論中實”“論人才與教化”“論七十子與漢唐儒”“論宋明儒”六類，選編費密論學原文，并弁簡要按語。最后為附錄，匯編新繁費氏遺文、傳記資料、著述序跋、交往評論資料等。