歷經暗黑大帝復活的危機之后萌學園終于迎來了平靜的生活，夸克族也開啟了新的紀元，長老會決定以萌學園為首聯合東西南北萌舉行校慶。就在這時，地球卻傳來噩耗，第五太陽紀即將結束，人類面臨滅絕危機。像光驅散黑暗，神明降臨人間，你出現在我的世界。我不知道我真的不知道這樣的生活究竟有沒有盡頭，萌騎士和奈亞公主存在的意義究竟是什么。難道我們永遠都只能眼睜睜地看著朋友，家人，一個個離開嗎？事實就是我們永遠無法終結這場戰役，而最后，所有我們愛的人都會離開，消失，再也不見。”我不想再陷入到這個永無止境的怪圈里面了……這一次，我要為自己而活。這一次，我要竭力守護所愛之人不被犧牲，哪怕，背叛信仰。由萌騎士幻之星，智之星，月之星，十之星，炎之星組成的萌騎士團不畏艱難展開與暗黑勢力斗爭拯救地球的神圣戰役。