從小不被母親寵愛、性情乖戾的瑪麗，因在霍亂中父母雙亡，她一夜之間變成孤兒，被從印度送往英國約克郡克萊文姑父的莊園生活，這個陌生的環境更使她倍感孤獨落寞。孤獨的瑪麗在女仆瑪莎的鼓勵下，開始嘗試在莊園里尋找自己的樂趣。一次，她神奇地在知更鳥的指引下找到了塵封已久的秘密花園的鑰匙，得以闖入久已禁閉且荒蕪的花園。在那里，她結識了喜歡和動物交朋友的迪肯。在迪肯的帶領下，他們一起在秘密花園里耕種。而在某個深夜，她因為尋找神奇的哭聲，而找到了常年躲在陰暗房間里的病態的少爺柯林，就這樣，他們都開始了自己的改變，而秘密花園也經歷了一次詩意的復活。