當一切盡為荒蕪，當萬物尚未誕生，虛無之地，混沌與波動混雜，一只蛋悄然晃動幾下，隨后綻放出孵化的光芒。阿爾宙斯，是后世的人們給它取的名字。創世之時的碎片形成了十八塊石板，被阿爾宙斯一一保管。

阿爾宙斯是最早誕生的寶可夢，它創造了寶可夢世界的一切。帝牙盧卡，帕路奇亞作為時間、空間的代表被阿爾宙斯所創造，騎拉帝納則掌控著反物質的能力，共同創造寶可夢世界。與此同時，金剛寶珠，白玉寶珠和白金寶珠對應著被創造，據說它們可以讓這三只「傳說中的寶可夢」變回它們原本的樣子。帝牙盧卡和帕路奇亞接替阿爾宙斯繼續為宇宙添加色彩，它們成功創造出了「寶可夢世界」，便事了拂衣去，回到屬于自己的世界。騎拉帝納因對應著物質的破壞而被驅逐，棲息于另一個「被毀壞的世界」。

接著，在世界誕生之初，阿爾宙斯創造了亞克諾姆，艾姆利多，由克希，分別代表共存于分別代表共存于現代的人類和寶可夢之中的意志、感情與知識，給予所有來到寶可夢世界的生靈以意志、感情和知識。之后這三只寶可夢分別潛入立志湖、睿智湖和心齊湖，并被稱為湖之眾神。至此，寶可夢世界擁有了物質與心，阿爾宙斯便長眠于起始之殿中。

古代的寶可夢于數億年前開始活躍。固拉多從地底的巖漿中誕生，蓋歐卡在深海的海溝里出現。固拉多和蓋歐卡分別擴張著大陸與海洋，當兩只超古代寶可夢終于碰面，帶來了為爭奪在寶可夢世界之初的優勢而進行的激烈戰斗。大戰使得整個行星都在顫抖，驚動了于臭氧層中形成的天空霸主：烈空坐。烈空坐自蒼空中降下，平息了兩大超古代寶可夢的紛爭，使得它們重新回到各自的洞窟沉睡。為了防止兩只超古代寶可夢再度醒來，朱紅色寶珠與靛藍色寶珠被制造，并保管于送神山。同時，小碎鉆也在地底深處出現，這可能是最早出現的礦物群寶可夢。

阿羅拉進入初始形成時期，但沒有光明。天邊三只傳說中的寶可夢出現，索爾迦雷歐、露奈雅拉與奈克洛茲瑪給阿羅拉帶來了光明，隨后奈克洛茲瑪的光漸漸消失，進入沉睡之中，索爾迦雷歐與露奈雅拉也消失在了天邊。

雷吉奇卡斯在陸地間移動，形成了如今寶可夢世界的各個地區。據說它用各種各樣的材料制作了「傳說中的巨人」后，用繩索將大陸拖曳而來，圍繞著天冠山創造了洗翠的大地，也就是如今的神奧地區。席多藍恩從天冠山噴發的火球中誕生，所在之處形成了嚴酷山。

于是，世界上各地開始出現了寶可夢，與此相應的還有人類。發展至現代，寶可夢與人類已是和平共處，和諧共生的狀態，寶可夢世界也在日益豐富起來——聯盟大會，華麗大賽，世界競標賽等競技項目應運而生，旨在完美發揮寶可夢的潛力、展現寶可夢的魅力。同時，各類體育項目也在發展，籃球、足球、排球等屬于人類的娛樂活動也在被開發，但總而言之，世界上最受人歡迎、最廣為人知的，還是關于寶可夢的賽事。

聯盟在各個地區成立，不僅是為了舉辦各種賽事，也兼顧著保障訓練家權益，維護當地秩序，保護寶可夢不被獵殺、販賣的各項工作。許多寶可夢研究員指出，寶可夢與人類一樣具有思維、情感，應當享受與人類同等的權益和保障，然而這一觀點的實施尚還長遠。

把目光聚焦到關都，真新鎮。一位少年踏上旅途，與他的同伴克蕾沂一起，正在前往常青市的路上探索著…………