本書由8個(gè)章節(jié)組成：第1章，如何開始，介紹了歷史上偉大科學(xué)的發(fā)現(xiàn)并非大眾的簡(jiǎn)單想象；第2章，分歧者，以著名科學(xué)家為例，論證理論被現(xiàn)象證明之前，不能過于相信理論，亦不能過于相信現(xiàn)象；第3章，幻覺大師，提出證據(jù)不能代表一切，問題數(shù)據(jù)、無序主義也是推進(jìn)科學(xué)偉大發(fā)現(xiàn)的核動(dòng)力；第4章，玩火，在生與死的邊緣，科學(xué)家有時(shí)會(huì)將自己作為祭品以追求科學(xué)的突破；第5章，褻瀆，“人工輔助生殖”、“日心說宇宙觀”舉證科學(xué)就是要打破禁忌。在追求真理的過程，科學(xué)攻擊現(xiàn)狀，且毫不顧及被攻擊對(duì)象是上帝還是人；第6章，戰(zhàn)斗，以“染色體的遺傳故事”、“內(nèi)共生學(xué)說的證偽”證明科學(xué)在戰(zhàn)斗中發(fā)展，王者倒下催生科學(xué)進(jìn)步；第7章，捍衛(wèi)寶座，以“錢德拉塞卡、阿爾文和沃弗辛斯基”為例，論述科學(xué)界的不公平競(jìng)爭(zhēng)，科學(xué)領(lǐng)導(dǎo)者在面對(duì)挑戰(zhàn)者時(shí)更有說話權(quán)；第8章，在火線，叛逆科學(xué)家如何打破壁壘，沖破高墻，推進(jìn)科學(xué)進(jìn)步。《自由基》告訴讀者，科學(xué)的發(fā)展和推進(jìn)需要打破常規(guī)、不按規(guī)矩出牌、創(chuàng)意的思想、無畏的勇敢、不屈服于政治壓力。敢想敢做，敢于闖入黑暗，敢于探索未知的邊緣，才是未來科學(xué)之路。