故事的開端是日本神奈川縣的夏秋相接之季，已經成為高中生的辻颯凜太郎因初中的交際破產而信奉“灰色青春”——“絕不與人交際”！“絕不招惹麻煩”！“絕不參加任何形式的集體活動！”可本以為青春會這樣度過的凜太郎卻在入學的第二天開始出現一些難以解釋的“怪病”——“為什么我無法拒絕別人？”“為什么今晚的電車總會晚點？”“為什么……這世界…都變得遲緩？”在癥狀的使然下，凜太郎開始身不由己的涉足正常人的“彩色青春”在學識淵博的田中洋的幫助下正視了自己的病癥，并將其命名：“矛盾結癥。”在這一段有關“灰色青春”的“矛盾結癥”成長之路上，明明反對“灰色青春”卻還體諒我的朋友：水原國志——“你告訴我了，你就逃不了了。“為什么你就是不愿面對！”“你丟了……一個很重要…很重要的東西。”當然，還有三個很重要的女人！總有一個能讓你看得稀里糊涂！“すきsuki”（喜歡）“つき？tsuki”（月亮？）“要是那天我真打算和你接吻，你會同意嗎？”“會。”“嗯？”“如果那樣的話，我們就只有那一面之緣了。”“沒關系的啦。”“是么……”最后……一切都正軌了么？最后的大雨之夜……