三戰末尾，不甘于戰爭草草結束的團藏，撿到了一桿來自異界的萬魂幡。“想要成為火影嗎？”“想要當著猿飛日斬的面說出，我才是火影嗎？”以靈魂姿態寄身在萬魂幡中的白石，對著團藏說道。“只需要舍去你的身份和肉體，用靈魂的姿態奪舍那位三代火影，你會成為他，但你也可以比他做的更好。”在白石的蠱惑下，團藏選擇了和猿飛日斬互換身體，他要向自己的好友證明，他才是村子最優秀的火影！……宇智波族地，正在苦苦思考生命意義的鼬，遇見了影響他一生的男人。“鼬，我為你找到了一個最好的老師。”白石對著年幼的鼬說道。在鼬的意識空間內，二代火影千手扉間一臉冷漠地看著他。“邪惡的宇智波小鬼！”……卡卡西的家中，接連經歷親友離世的他，遇見那個改變他一生命運的男人。“卡卡西，好久不見！”這一天，被他親手殺死的隊友野原琳以靈魂的姿態出現在他的身邊，笑容如花。“卡卡西，還想見到帶土嗎？”“那就在琳的陪伴下，去到雨之國，加入曉組織，完成我交給你的任務。”白石對著卡卡西說道。……這是一個失去肉身的魔修，從火影的世界開始，在諸天萬界中掀起一場場打著正義旗號的戰爭，收割億兆靈魂，成就至高的故事。