海洋中細(xì)菌的作用非常復(fù)雜。海洋中的細(xì)菌不僅能分解各種動(dòng)植物尸體、糞便和其他有機(jī)顆粒，把有機(jī)物分解成無(wú)機(jī)物，本身還能利用自己“制造”的無(wú)機(jī)物再生產(chǎn)出各種有機(jī)物。一些細(xì)菌能夠進(jìn)行光合作用，如藍(lán)細(xì)菌。

海洋生態(tài)系統(tǒng)中微型生物食物環(huán)中攝食者和被攝食者的個(gè)體大小有一定比例。通常攝食者只能攝取大約為自身大小的1/10的生物。細(xì)菌是許多動(dòng)物的直接食物。

它們能被很多微型浮游動(dòng)物如鞭毛蟲(chóng)捕食，而鞭毛蟲(chóng)又被個(gè)體較大的原生動(dòng)物（主要是纖毛蟲(chóng)）捕食，纖毛蟲(chóng)呢，又是水蚤、箭蟲(chóng)等中型浮游動(dòng)物的重要食物，從而使得中型浮游動(dòng)物進(jìn)入了后生食物網(wǎng)。這一食物關(guān)系稱(chēng)為“微型生物食物環(huán)”。

微型生物食物環(huán)與經(jīng)典食物鏈之間有著密切的關(guān)系。